أثار قرار رئيس الحكومة د. عصام شرف، بتعيين د. عبد الفتاح البنا وزيرا للدولة لشئون الآثار، خلفا للدكتور زاهى حواس (الذي تقدم باستقالته فور علمه باستبعاده من التشكيل الوزاري الجديد، وخرج من الباب الخلفي للوزارة خوفًا من الهجوم عليه)، عددًا من الجدل داخل الوزارة، حيث قال الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار د. محمد عبد المقصود: إن تعيين د. البنا يأتي يعد إهانة لآثار مصر، ولكل العاملين بالوزارة.. مؤكداً أنهم لن يقبلوا العمل تحت رئاسة شخص غير أثرى من الأساس.. في إشارة منه إلي رفض جميع الأثريين هذا الاختيار، وانتظارهم لتراجع د. شرف عنه، وأنهم في الوقت ذاته لا يدعون لعودة زاهى حواس إلى الوزارة، ولا يطالبون بشخص بعينه. وطالب الأمين العام للمجلس د. عصام شرف بضرورة النظر فى تحويل الوزارة إلى هيئة قومية تابعة لمجلس الوزراء، حتى لا تتعرض يومياً لمثل هذه الأحداث من تغيرات وزارية، وحتى يستطيع العاملون بالآثار خدمة البلد والحفاظ على تاريخهم، بدلاً من الصراع على كرسى الوزارة. كما تقدم مجلس إدارة متحف "الفن الإسلامى" باستقالة جماعية، إلي رئيس الحكومة؛ اعتراضا على تعيين د. البنا وزيرا للآثار.. وأرسل رئيس مجلس إدارة المتحف د. محمد الكحلاوى رسالة إلى د. شرف تفيد باستهجان إدارة المتحف تولي الوزير، جاء فيها، ما يؤكد علي أن اختيار البنا يأتي إهانة للتراث المصري.. وأن هذا الاختيار لن يعافى مصر من كبوتها. هذا.. وقد عقدت اللجان الدائمة التابعة للوزارة - والتي تضم اللجنة الدائمة للآثار المصرية، واللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية - اجتماعًا طارئًا لبحث تقديم استقالة أعضاء هذه اللجان؛ اعتراضاً على تعيين د. البنا. كما قرر العاملون بالآثار الإضراب تمامًا عن العمل فى كل المناطق الأثرية على مستوى الجمهورية، اعتراضاً على القرار، وقرروا تنظيم وقفة احتجاجية أمام مجلس الوزراء للمطالبة بالتراجع عن قرار تعيين البنا. وفي سياق موازٍ، قال د. عبد الفتاح البنا: إن تثبيت العاملين بالوزارة أهم أولوياته فى المرحلة المقبلة.. وأن الملف الأخطر حالياً فى الآثار هو تثبيت العمالة المؤقتة، والبحث عن حقوق كل الأثريين المظلومين. ومن الجدير بالإشارة أن د. البنا تخرج فى كلية الآثار جامعة القاهرة في العام 1982، وكان أول دفعته فى قسم الترميم بكلية الآثار في الجامعة ذاتها، واختير للعمل معيداً بالقسم، وسافر فى بعثة إلى بولندا؛ حيث حصل على الدكتوراه فى ترميم الآثار الحجرية، وكانت له العديد من الحملات التي لم تتوقف للحفاظ على آثار مصر، والدفاع عنها، وانتقاد ما تتعرض له من إهمال، وعرض عليه مؤخرًا اعتلاء منصب وزير الآثار إلا أنه رفض، وترشح بدلًا منه د. علاء شاهين، وعلل حينها رفضه بقوله: "أنا متخصص فى ترميم الآثار، وهذه الوزارة تحتاج إلى خبير فى الآثار وليس الترميم، وأعتقد أن د. علاء شاهين أفضل المتاحين؛ لذلك رشحته بدلا منى".