أعلن مجلس شورى الإخوان المسلمين فى بيانه الختامى عدة قرارات هامة تتعلق بموقف الجماعة من الترشح لرئاسة الجمهورية ونسبة مشاركتها فى الإنتخابات البرلمانية وعلاقتها بحزب الحرية والعدالة المنبثق عنها هذا إلى جانب التحقيق فى مخالفات أعضاء الجماعة. من جانبه أكد د. محمد سعد الكتاتنى عضو مكتب الإرشاد أن قرارات المجلس تتمثل فى التأكيد على عدم قيام الجماعة بترشيح أحد منها لمنصب رئيس الجمهورية للمرة القادمة ، وعدم دعم أو تأييد أى أحد منها يرشح نفسه للرئاسة . وقد أعلن د. عصام العريان المتحدث الرسمى باسم الجماعة أن الجماعة لم تصرح بأنها ستضم أى من مرشحى الرئاسة ولكن إذا رغب أحد مرشحى الرئاسة الإنضمام للحزب فهذا متاح ولكن إذا إشترط أن يكون مرشح الحزب فهذا مرفوض . وتابع الكتاتنى أنه سيتم إعتماد الإجراءات التى إتخذها مكتب الإرشاد بخصوص حزب الحرية والعدالة وإعتماد برنامجه ولائحته الجديدة مع إجراء التعديلات اللازمة ، وشدد على أن الحزب هو حزب مدنى يعمل مستقلاً عن الجماعة "وينسق معها" طبقاً للقانون والدستور وبما يحقق مصالح الوطن. كما تقرر إنتخاب كل من د. محمد مرسى رئيساً لحزب الحرية والعدالة ود. عصام العريان نائباً له ود. محمد سعد الكتاتنى أميناً عاماً للحزب على أن يترك كل منهم مسئولياته فى مكتب الإرشاد. وأوضح أن منهج الجماعة فى العمل العام ثابت وأنه لم يكن هناك أى قرار لحلها وأن كل ماصدر من قرارات قبل ذلك يعتبر إجتهادات وأن الجماعة تكون حزباً مستقلاً وسوف يتم الإعلان عن لائحته خلال أيام ، كما سيتم إرسال أوراق الحزب للجنة شئون الأحزاب فى غضون عشرة أيام . وأعلن أن الجماعة لاتسعى إلى الحصول على الأغلبية فى البرلمان القادم وسوف تخوض الإنتخابات البرلمانية القادمة تحت مبدأ المشاركة للمغالبة وبنسبة تتراوح بين 45 50% كحد أقصى للترشيح لكن يبقى التنسيق مع القوى الوطنية . كما تقرر تشكيل لجنة تحقيق فى مخالفات أعضائها مكونة من ثلاثة أعضاء أصليين وهم محمد حسين و أحمد عبدالمقصود ود. عطيه فياض وثلاثه إحتياطيين وهم محمد عبدالمنعم وحمدى إبراهيم ود. محمد سعد عليوه.