كشف تقرير التحالف المصرى لمراقبة الانتخابات عن عملية الاستفتاء، عدة ظواهر سلبية وانتهاكات تخللت أعمال الرقابة على الاستفتاء؛ أبرزها: إغلاق بعض اللجان بمركز سمنود بمحافظة الغربية أمام الناخبين، في تمام الساعة الواحدة ظهرًا. كما تم إغلاق لجنة مدرسة حانوت بمركز زفتى بمحافظة الغربية في الساعة الثانية عشرة ظهرا، وكذلك لجنة مدرسة عثمان بن عفان بالعمرانية في التوقيت ذاته. ونفت اللجنة القضائية العليا المشرفة على الاستفتاء، ما تردد من وجود بعض لجان الاستفتاء بدون إشراف قضائي، هذا بخلاف رفض بعض رؤساء اللجان التوقيع على بطاقات إبداء الرأي كبديل عن الختم وذلك في لجنة مديرية المساحة بالدقي. ورفضت بعض الناخبات والمنتقبات استخدام الحبر الفسفوري، في لجنة مدرسة محمود صدقي بالإسكندرية، ولجنة مدرسة الخديوي إسماعيل بشارع طوبار بالقاهرة، وفي بعض اللجان تم السماح للناخبات من المنتقبات بالإدلاء بأصواتهن، دون التعرف على هويتهن الشخصية وذلك في لجنة مدرسة حدائق القبة، هذا بخلاف تقديم رشاوى انتخابية.