انتقد شيخ الأزهر الإمام الأكبر أحمد الطيب الأحد الدعوة التي وجهها البابا بنديكتوس السادس عشر إلى قادة العالم لحماية المسيحيين الأقباط واصفا هذه الدعوة بأنها "تدخل غير مقبول" في شؤون مصر، كما نقلت عنه وكالة أنباء الشرق الأوسط المصرية.وقال شيخ الأزهر في مؤتمر صحافي "إنني اختلف مع البابا في هذا الرأي، وأتساءل لماذا لم يطالب البابا بحماية المسلمين عندما تعرضوا لأعمال قتل فى العراق؟". واعتبر رئيس المؤسسة السنية الأبرز في العالم العربي ومقرها القاهرة، أن دعوة البابا تنم عن تعامل بنظرة غير متساوية للمسلمين والمسيحيين. وكان البابا بنديكتوس السادس عشر طلب السبت من قادة العالم حماية المسيحيين من التجاوزات ومظاهر عدم التسامح الديني، وذلك في أعقاب الاعتداء الذي استهدف كنيسة في الإسكندرية (شمال مصر) بعد منتصف الليل مما أسفر عن 21 قتيلا وحوالى 80 جريحا. وقال البابا في قداس رأس السنة في كاتدرائية القديس بطرس "في مواجهة التوترات التي تحمل تهديدا في الوقت الراهن وأمام أعمال التمييز والتجاوزات وخصوصا مظاهر التعصب الديني (...) الأقوال لا تكفي، بل يتعين على مسئولي الأمم إبداء التزام عملي وثابت". وإذ انتقد شيخ الأزهر دعوة البابا، جدد في الوقت نفسه أدانته للاعتداء على الكنيسة، مؤكدا أن "كل علماء المسلمين يعلمون ان ذلك الحادث لا يقره دين أو نظام اجتماعي". وأكد الشيخ الطيب في مؤتمره الصحافي الذي عقده في مشيخة الأزهر في القاهرة أن "حادث كنيسة الإسكندرية هو حادث كئيب وثقيل الظل، فهو حادث سالت فيه دماء بريئة وتناثرت أشلاء كانت تؤدي صلواتها فى بيوت العبادة". وأضاف "ما حدث أمر لا يمكن أن ينسب إلى مسلم، فضلا عن أن ينسب إلى مصري"، مؤكدا انه اعتداء "خطط له خارج مصر" وان "مصر مستهدفة وأعداء الإسلام والمصريين يريدون أن يجعلوا من مصر بلد حرب طائفية واقتتال ديني كما يحدث فى بعض البلاد العربية".من جهة ثانية أعلن شيخ الأزهر عن إنشاء لجنة أطلق عليها اسم "بيت العائلة المصرية" ستضم "الفضلاء والعقلاء من الأزهر والكنيسة وستجتمع أسبوعيا" اعتبارا من الأسبوع المقبل. وأضاف شيخ الأزهر ان هذه اللجنة "ستوجه حديثها للمصريين من اجل توضيح سماحة الإسلام تجاه أصحاب الديانات الأخرى، وكذلك توضيح سماحة المسيحية، وستناقش في تلك اللجنة الأمور التي تعمل على التوتر وستدرس الحلول التي تزيل التوترات وترفعها إلى ولي الأمر". ولاحقا زار شيخ الأزهر البابا شنودة الثالث في كاتدرائية القديس مرقس في القاهرة، ولكن عند خروجه تجمهر عشرات الأقباط مطلقين هتافات مناوئة لزيارته وهاجموا سيارته. وارتفعت حدة التوترات منذ عام بين المسلمين والأقباط في مصر. ويمثل الأقباط ما بين 6% و10% من إجمالي عدد المصريين البالغ 80 مليونا، وهو يعتبرون أنفسهم أقلية مهمشة ومهددة.