فى إطار جهود وزارة الدولة لشئون البيئة للقضاء على مصادر تلوث مياه نهر النيل وفروعه وروافده بالصرف الصناعى ، وتحسين نوعية مياهه حددت الوزارة ثلاثة محاور رئيسية وهى : إيقاف الصرف الصناعي غير المعالج علي نهر النيل أو علي المجاري المائية المؤدية له، ومتابعة خطط توفيق الأوضاع البيئية للمنشآت الصناعية التي تقوم بالصرف على نهر النيل والمياه العذبة والمجارى المائية المؤدية إليه، و تعديل تكنولوجيا التصنيع الخاصة بالمنشأة أو بإعادة استخدام مياه الصرف الصناعي بعد تدويره . ولتنفيذ الخطط المشار إليها تم حصر جميع مصادر التلوث الصناعى على نهر النيل وبناء قاعدة بيانات يتم تحديثها بصفة مستمرة تشمل أعداد المصانع ومواقعها وكميات الصرف ونوعيته ومدى مطابقته للقوانين المعمول بها ( رقم 48 لسنة 1982 فى شأن حماية نهر النيل والمجارى المائية ، ورقم 4 لسنة 1994 فى شأن حماية البيئة والمعدل بالقانون رقم 9 لسنة 2009 ). وتقوم الوزارة من خلال الإدارة المركزية للتفتيش بمتابعة المنشأت التى تقوم بالصرف على النيل حيث تم إيقاف الصرف الصناعى لعدد ( 69 ) منشأة نهائياً وتحويله إما على شبكة الصرف الصحى أو بإعادة تدويره كما تم توفيق أوضاع عدد ( 8 ) منشآت صناعية تصرف صرف مطابق كما يوجد حالياً عدد ( 22 ) منشأة تقوم بتنفيذ خطط لتوفيق أوضاعها عن طريق تعديل العمليات الصناعية وتنفيذ محطات لمعالجة الصرف الصناعى الخاص بها أو تنفيذ مشروعات لربط صرف المنشأة على شبكة الصرف الصحى وإيقافه نهائياً بالإضافة إلى عدد ( 2 ) منشأة متوقفة تماماً عن العمل كانت تصرف على مصارف تؤدى لنهر النيل ( صرف غير مباشر )وعدد ( 1 ) منشأة جارى إلزامها بتقديم خطة لتوفيق أوضاعها . كما تقوم الوزارة بتنفيذ مشروعات لمطابقة صرف مياه التبريد لعدد (13) محطة كهرباء وعدد (14) منشأة صناعية و يتم اتخاذ كافة الإجراءات القانونية تجاه الشركات المخالفة التى لاتقوم بتوفيق أوضاعهابالإضافة إلى تنفيذ خطة سنوية لمتابعة تنفيذ خطط توفيق الأوضاع للمنشآت التى تقوم بتوفيق أوضاعها ، ومتابعة المنشآت التى تقوم بالصرف المطابق أيضاً ويتم تقديم الدعم المالي للمنشآت الصناعية التى لديها جدارة ائتمانية لتنفيذ خطة توفيق الأوضاع الخاصة بها وذلك من خلال مشروع التحكم فى التلوث الصناعى بمرحلتيه الأولى والثانية ومشروع حماية البيئة للقطاع الخاص وقطاع الأعمال العام لعدد (41) منشأة صناعية . ويتم التفتيش الدوري على العائمات النهرية من خلال لجان التفتيش المشكلة من جهاز شئون البيئة وفروعه الإقليمية بالمحافظات بالاشتراك مع الإدارة العامة لشرطة البيئة والمسطحات وتحرير محاضر مخالفات بيئية لكافة المنشآت والعائمات المخالفة و متابعتها بشكل دوري وكذا تشكيل لجنة فنية لدراسة أوضاع العائمات النهرية فى مصر لوضع الحلول الفنية المناسبة لمنع صرف العائمات نهائياَ على نهر النيل . وأوضحت برامج رصد نوعية مياه نهر النيل لعام 2010 أن هناك تحسن في نوعية المياه بنهر النيل من أسوان إلي القاهرة عن الأعوام السابقة ، حيث أشارت النتائج بوجه عام إلي حيوية المياه وقدرتها علي التنقية الذاتية، وعدم وجود مؤشرات تفوق الحدود المسموح بها لكل من تركيزات المواد العضوية والمعادن الثقيلة .