نشبت خلافات شديدة بين قيادات جماعة الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة حول استبعاد المستشار ماهر بيبرس محافظ بني سويف من منصبه في حركة المحافظين المزمع إعلانها خلال أيام ، ففي حين قاد الشيخ محمد عبدالله سياف ، مسؤول المكتب الإداري بالمحافظة وعضو مجلس شورى الجماعة حملة لإقالة بيبرس وتعيين كادر إخواني غيره ، طالب أعضاء في هيئة مكتب حزب الحرية والعدالة باستمراره تجنبا لاستعداء تيارات إسلامية مهمة وأخرى مدنية ترفض مطلقا تعيين إخواني محافظا لبني سويف . وكان الاخوان قد اصدروا بيانا موقع من الشيخ محمد عبدالله سياف مسئول المكتب الادارى ببنى سويف وعضو مجلس شورى الجماعة، منذ اسبوع، اتهموا فيه المحافظ بانه يتنصل من أخونة الدولة وان بنى سويف «خارج الاخونة»، وكأنها تهمة يتبرأ منهان على حد تعبيرهم. واشار البيان إلى ان المحافظ لم يبرأ من هذه التصريحات الاعلامية التى اطلقها عبر المواقع الالكترونية. واكد البيان ان الإخوان مدوا ايديهم الى المحافظ كقوى هامة من قوى المجتمع المدني في كثير من المناسبات و الأزمات مقدرين ثقل المسئولية و ضخامة التركة التى تحملها على عاتقه من موروثات النظام السابق، ومستشعرين للمسئولية الملقاة على عاتقهم للنهوض بهذا الوطن، بتحرك واعٍ و فعال لقيادات وعناصر الجماعة والحزب في كل مدن وقرى المحافظة و أيضا من خلال جهود نواب الحرية والعدالة ، وساهموا معه في حل العديد من المشكلات والقضايا التى تعاني منها المحافظة ، و دعموا دوره و ساندوه بكل قوة في سبيل تطوير الأداء الحكومي وتطهير المنظومة الإدارية للدولة داخل المحافظة، غير منتظرين لمنصب و لا مكانة. صدر البيان مذيلا بتوقيع سياف ، ورشح المكتب عدة أسماء لتولي منصب المحافظ منهم الدكتور نهاد القاسم ، أمين حزب الحرية والعدالة بالمحافظة ، وعبد العظيم الشرقاوي ، عضو مكتب إرشاد الجماعة ، فيما أكد مصدر إخواني رفض ذكر اسمه ، أن على رأس المرشحين لتولي منصب محافظ بني سويف هو الدكتور محمد البلتاجي القيادي الشهير في حزب الحرية والعدالة . على جانب آخر طالب أعضاء في هئية مكتب حزب الحرية والعدالة ، بعدم إقالة " بيبرس " لنجاحه في ملف الاستثمار مؤكدين أن الرئيس مرسي أشاد بجهود بيبرس في جذب استثمارات تقدر ب 24 مليار جنيه في غضون عامين وفرت 54 ألف فرصة عمل ، وأشاروا إلى أنهم لا يرغبون في الدخول في مواجهة مباشرة مع حزبي النور والبناء والتنمية ، وباقي التيارات المدنية والأحزاب الليبرالية التي ترفض تعيين محافظ إخواني ، وهددت بالتظاهر عليه ومنعه من دخول مبنى المحافظة ، ما قد يثير قلاقل أمنية وشعبية .