كشفت دراسة حكومية حديثة أن متوسط مقدار الفاقد السنوي من حصيلة ضريبة المرتبات و ما في حكمها بالجهاز الحكومي بالدولة يبلغ 1.4مليار جنيه سنوياً ، وذلك فيما يتعلق بمصدري الضريبة علي كافة القطاعات الحكومية المختلفة بالدولة مثل الوزارات والمصالح الحكومية ووحدات الحكم المحلي او صناديق الإيرادات والحسابات الخاصة والوحدات ذات الطابع الخاص . استندت الدراسة التي اعدها خالد عبد النبي محمود عضو المكتب الفني بقطاع الفحص الضريبي والتحصيل بمصلحة الضرائب المصرية الي عدة اسباب وراء هذه الخسارة في الحصيلة الضريبية ، ابرزها عدم وجود قاعدة بيانات خاصة بضريبة المرتبات بالجهاز الإداري للدولة بالمصلحة ، وعدم وجود سجلات حصر أو محاضر جرد لملفات الجهاز الإداري في بعض المأموريات ومأمورية ضرائب التفتيش علي المصالح الحكومية بالقاهرة ومكاتبها ، كما لم يتم فتح ملفات لبعض الجهات الحكومية والتي يرد منها شيكات بقيمة الضريبة المخصومة من المنبع ويتم تحميلها علي بند 45 بمأمورية التفتيش علي المصالح الحكومية بالقاهرة ، بالاضافة الي عدم حصر كافة الصناديق وحسابات الإيرادات الخاصة بالجهات الحكومية ، وعدم ربط المكاتب الخارجية بمأمورية التفتيش بالقاهرة بشبكة الحاسب الآلي للمصلحة ، حيث لم يتم تطوير برامج الحاسب الآلي الخاصة بالحصر والفحص و التحصيل. وكشفت الدراسة ان هناك اسباب اخري لهذا الفاقد الضريبي تتعلق بإجراءات التحصيل ، واهمها غياب الآلية المتطورة لتحصيل المستحقات الضريبية من الجهات الحكومية ، حيث لا توجد ملفات للتحصيل خاصة بالجهات الحكومية في بعض المأموريات لمتابعة سداد الضريبة ، بالاضافة الي غياب الرقابة الضريبية علي الجهات الحكومية طبقاً لأحكام قانون الضرائب ، ويتضح ذلك من خلال عدم التزام الجهات الحكومية بتوريد وخصم الفروق الضريبية المستحقة السداد في موعدها ، حيث إن هناك فارقاً بين تاريخ تسليم الشيك وتوريد القيمة بالبنك المركزي ، بخلاف وجود رصيد من الشيكات المرتدة من الجهات الحكومية في بعض المأموريات ! اما فيما يتعلق بإجراءات الفحص تكشف الدراسة عن وجود إهمال لدي بعض المأموريات للفحص الضريبي للجهات الحكومية الهامة ، وعدم قيام بعض المأموريات المتخصصة و خاصة مأموريات المحافظات بفحص بند الأجور المتغيرة والتي تؤثر بصورة مباشرة علي تحديد الإيرادات الخاضعة للضريبة ، بالاضافة الي قيام بعض المأموريات بالفحص الضريبي لعينة من العاملين الخاضعين للضريبة دون فحص باقي العاملين الخاضعين للضريبة بالجهات الحكومية . وارجعت الدراسة ذلك الي عدم كفاية القوي الفنية التنفيذية للفحص والتحصيل علي مستوي كافة المأموريات المتخصصة بالمقارنة بعدد الملفات ، وعدم تنمية مهاراتهم ورفع كفاءاتهم ، بخلاف استمرار عمل بعض قيادات المكاتب الخارجية للتفتيش علي الوزارات بالقاهرة إلي ما يقرب من 15 سنة متصلة مما أدي إلي عدم نقل الخبرات وعدم خلق صف ثانٍ من القيادات . ووضع خالد عبدالنبي صاحب الدراسة رؤية لمعالجة أسباب الفاقد في الحصيلة الضريبية تعتمد علي أنشاء إدارة مركزية لضريبة المرتبات و ما في حكمها بمصلحة الضرائب ، وتطوير منهجية التدريب للجهاز التنفيذي لضريبة المرتبات ، ووضع آلية فعالة لتنفيذ خطة وضع قاعدة بيانات متكاملة لضريبة المرتبات و ما في حكمها ، ودعا الي وضع دليل للإجراءات التنفيذية لفحص ضريبة المرتبات و ما في حكمها بالجهاز الحكومي بالدولة و تدريب العاملين بالمصلحة علي تنفيذه ، لافتا الي انه تم اعداد هذا الدليل و لكن لم يتم تنفيذه حتي الآن ، بالاضافة الي ضرورة التعاون بين المصلحة والجهات الملتزمة بخصم الضريبة من خلال وضع خطط الأداء التنفيذي للضريبة بما يتفق مع النظم الإدارية واللوائح المالية المعمول بها في الجهاز الحكومي بالدولة ، مع تحويل المكاتب الخارجية بالجهات الحكومية التابعة لمأمورية التفتيش بالقاهرة لمراكز ضريبية متطورة ، ووضع اتفاقية للتعاون المشترك بين مصلحة الضرائب وقطاع الحسابات والمديريات المالية بوزارة المالية وتدريب العاملين بالقطاع علي متابعة خصم ضريبة المرتبات من المنبع لمعالجة القصور في الرقابة الداخلية بالجهاز الحكومي بالدولة ، بالاضافة الي ضرورة وضع بروتوكول للعمل المشترك بين المصلحة و الجهاز المركزي للمحاسبات لتفعيل دور الجهاز في متابعة خصم ضريبة المرتبات و الدمغة و كافة أنواع الضرائب النوعية الأخري من المنبع . مطالباً بانشاء مأموريات متخصصة للدمغة والتفتيش علي المصالح الحكومية بكافة المحافظات .