طلب محامو خمسة متهمين في هجمات 11 سبتمبر 2001 زعموا انهم تعرضوا للتعذيب في سجون سرية تابعة لوكالة المخابرات المركزية الامريكية (سي.آي.إيه) من قاض عسكري أمريكي ان يأمر بالمحافظة عليها كدليل. من بين المتهمين خالد شيخ محمد المتهم بأنه العقل المدبر في الهجمات التي شنت باستخدام طائرات ركاب مخطوفة قتل فيها 2976 شخصا يوم 11 سبتمبر عام 2001 وأربعة سجناء آخرين متهمين بتدريب ومساعدة الخاطفين. كما طلب محامو الدفاع من القاضي ان يأمر الحكومة الامريكية بأن تسلم جميع وثائق البيت الابيض ووزارة العدل الامريكية التي فوضت وكالة المخابرات المركزية الامريكية بنقل المشتبه في انهم ينتمون لتنظيم القاعدة عبر الحدود دون مراجعة قضائية واحتجازهم واستجوابهم في سجون سرية بعد هجمات 11 سبتمبر. أعلن الرئيس السابق جورج بوش في عام 2006 ان متهمي 11 سبتمبر كانوا ضمن مجموعة اسرى "لهم أهمية كبيرة" ارسلوا الى جوانتانامو من السجون السرية. أقرت وكالة المخابرات المركزية ان:" محمد تعرض لتكنيك محاكاة الغرق وقال المتهمون انهم تعرضوا أيضا للحرمان من النوم والتهديد ووضعهم وهم مقيدون في أوضاع مؤلمة". يقول محامو الدفاع ان :"معاملة موكليهم كانت عقابا غير قانوني سابق على المحاكمة ينطوي على "سوء سلوك شائن من جانب الحكومة" بشكل يبرر اسقاط التهم الموجهة للمتهمين أو على الاقل انقاذهم من الاعدام اذا ادينوا". قال محامو الدفاع كما ورد في وثائق المحكمة :"آثار التعذيب بطبيعتها تؤثر على الاعتراف بالادلة ومصداقية الشهود ومدى مناسبة العقاب وشرعية المحاكمة ذاتها." قال جيمس كونيل محامي الدفاع عن أحد أقارب محمد وهو المتهم علي عبد العزيز علي ان :"هناك شاهدا محتملا واحدا على الاقل محتجز ايضا في سجون وكالة المخابرات المركزية يمكن ان تثير معاملته تساؤلات بشأن أقواله".