قضت الدائرة الثانية بمحكمة القضاء الإدارى برئاسة المستشار إبراهيم إسماعيل, نائب رئيس مجلس الدولة, بعدم قبول طلب إلغاء القرار السلبى لرئيس الجمهورية بالامتناع عن تحويل جامعة النيل من جامعة خاصة إلى جامعة أهلية لعدم توفيق الجامعة لأوضاعها القانونية. كما قضت بوقف تنفيذ القرار رقم 305 لسنة 2011 والصادر بتاريخ 19 فبراير 2011 من رئيس مجلس الوزراء، بالموافقة على قبول التنازل النهائى الصادر من مجلس أمناء المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى عن حق الإنتفاع عن مساحة 127 فدانا، وهى قطع الأراضى أرقام 62 و63 المخصصة لوزارة الاتصالات وتكنولوجيا بمدينة الشيخ زايد بمحافظة السادس من أكتوبر على ان تتولى الجامعة توفيق أوضاعها كجامعة أهلية ومن الظاهر من العبارة الأخيرة أن مجلس أمناء المؤسسة لهذه الجامعة، يدرك تماما مدى العوار الذى لحق بتأسيس وإنشاء المؤسسة وجامعة النيل وإلا ما كان دعاها إلى توفيق أوضاعها. وقضت المحكمة بوقف تنفيذ القرار رقم 356 لسنة 2011 الصادر بتاريخ 14 مارس 2011 بالموافقة على قبول وزارة الاتصالات وتكنولوجيا جميع التجهيزات الإضافية لمبانى جامعة النيل الممولة من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى البالغ قيمتها40 مليون جنيه بالإضافة إلى ما قد يتبقى من التبرعات المخصصة لإنشاء الجامعة الجارى حصرها وقالت المحكمة فى حيثياتها إن البادى من ظاهر الأوراق وبالقدر اللازم للفصل فى طلب، وقف تنفيذ هذا القرار أنه قد صدر بناء على خطاب من رئيس مجلس أمناء المؤسسة المذكورة وتضمن هذا التنازل، وليس بناء على قرار من مجلس الأمناء، ومن ثم فإن هذا التنازل يكون قد صدر من غير مختص وهو والعدم سواء. واشارت الحيثيات إلى أن ما تم التنازل عنه لم تساهم فيه الدولة وإنما تم تجهيز تلك المبانى من موارد المؤسسة وتلقت تبرعات بلغت 150 مليون جنيه، وفقا للمستندات المقدمة من الحاضر عن رئيس مجلس أمناء مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بجلسة 24 أكتوبر 2012 وهى مبالغ قدمها المانحون ليس من بينهم الدولة لجامعة النيل تحديدا. وقضت المحكمة بوقف تنفيذ قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 100 لسنة 2011 المطعون فيه بنقل الإشراف الإدارى على الأرض والمبانى الصادر بشأنها قرار رئيس مجلس الوزراء رقمى 305 و356 لسنة 2011 وذلك من وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات إلى صندوق تطوير التعليم. وقالت المحكمة فى حيثياتها إنه لما كان هذا القرار قد استند إلى صدور القرارين رقمى 305 و356 لسنة 2011 بما تضمناه وقد انتهى قضاء المحكمة إلى وقف تنفيذ القرار فى الجزء الخاص المقام عليه المبنى الذى ستشغله جامعة النيل وإلى وقف تنفيذ القرار الآخر، وكان من الضرورى أن تقوم الدولة بعد استردادها للأرض وما أقيم عليها من مبان، أن تحدد جهة إدارية تتولى الإشراف عليها، وقد اختارت صندوق تطوير التعليم للقيام بهذا وهو أمر يخضع لسلطلتها التقديرية ولا معقب عليها فى هذا الشأن. وقضت المحكمة بوقف تنفيذ القرار 1366 لسنة 2011 الصادر بتاريخ 27 أكتوبر 2011 المطعون فيه والذى نص فى المادة الأولى منه على إستخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا " مشروع مصر القومى للنهضة العلمية " المبانى والمنشأت المقامة على الأراضى التى خصصت لوزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات بمدينة الشيخ زايد محافظة الجيزة والصادر فى شأنها قرار مجلس الوزراء رقما 305 و356 لسنة 2011 والتى تم نقل الإشراف الإدارى عليها إلى صندوق تطوير التعليم بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 100 لسنة 2011 لحين استكمال الإجراءات اللازمة وفقا للقانون ونص فى المادة الثانية على " الموافقة على الترخيص للدكتور أحمد زويل بصفته رئيسا لمجلس الأمناء لمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بالتعامل مع الجهات الحكومية وغيرها من الأشخاص المعنوية العامة والخاصة لإنجاز كافة الإجراءات اللازمة لإستكمال المقومات المادية والمعنوية اللازمة للمدينة على أن تعرض هذه التعاملات على مجلس الأمناء للمراجعة والاعتماد.