قضت الدائرة الثانية بمحكمة القضاء الإداري برئاسة المستشار إبراهيم إسماعيل، نائب رئيس مجلس الدولة بعدم قبول طلب إلغاء القرار السلبى لرئيس الجمهورية بالامتناع عن تحويل جامعة النيل من جامعة خاصة إلى جامعة أهلية لعدم توفيق الجامعة لأوضاعها القانونية. كما قضت بوقف تنفيذ القرار رقم 305 لسنة 2011 والصادر بتاريخ 19 فبراير 2011 من رئيس مجلس الوزراء بالموافقة على قبول التنازل النهائى الصادر من مجلس أمناء المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى عن حق الانتفاع عن مساحة 127 فدان وهى قطع الأراضى أرقام 62 و63 المخصصة لوزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات بمدينة الشيخ زايد ومحافظة السادس من أكتوبر على ان تتولى الجامعة توفيق أوضاعها كجامعة أهلية ومن الظاهر من العبارة الأخيرة أن مجلس أمناء المؤسسة لهذه الجامعة يدرك تماما مدى العوار الذى لحق بتأسيس وإنشاء المؤسسة وجامعة النيل وإلا ما كان دعاها إلى توفيق أوضاعها. و أضافت المحكمة أنه لما كان هذا القرار يشكل ركن السبب فى القرار المطعون فيه رقم 305 لسنة 2011 طبقا للمادة '' 20 '' من لائحة النظام الأساسى للمؤسسة المذكورة والتى تنص على ان يتولى مجلس الأمناء إدارة المؤسسة بما يحقق أغراضها وله فى سبيل ذلك القيام باختصاصات مجلس الإدارة والجمعية العمومية الواردة فى القانون 84 لسنة 2002 ولائحته التنفيذية فيما عدا تعديل الغرض الأصلى للمؤسسة الأهلية المحددة فى هذا النظام ومن ثم هذا التنازل يكون قد صدر من السلطة التى تملك إصداره ويكون القرار المطعون فيه يكون قد صدر قائما على سبب صحيح. و قضت المحكمة بوقف تنفيذ القرار رقم 356 لسنة 2011 الصادر بتاريخ 14 مارس 2011 بالموافقة على قبول وزارة الإتصالات وتكنولوجيا جميع التجهيزات الإضافية لمبانى جامعة النيل الممولة من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى البالغ قيمتها40 مليون جنيه، بالإضافة إلى ما قد يتبقى من التبرعات المخصصة لإنشاء الجامعة الجارى حصرها. وقالت المحكمة فى حيثياتها أن البادى من ظاهر الأوراق وبالقدر الازم للفصل فى طلب وقف تنفيذ هذا القرار أنه قد صدر بناءً على خطاب من رئيس مجلس أمناء المؤسسة المذكورة وتضمن هذا التنازل وليس بناءً على قرار من مجلس الأمناء، ومن ثم فإن هذا التنازل يكون قد صدر من غير مختص وهو والعدم سواء . و اشارت الحيثيات أن ما تم التنازل عنه لم تساهم فيه الدولة وإنما تم تجهيز تلك المبانى من موارد المؤسسة وتلقت تبرعات بلغت 150 مليون جنيه وفقًا للمستندات المقدمة من الحاضر عن رئيس مجلس أمناء مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بجلسة 24 أكتوبر 2012 وهى مبالغ قدمها المانحون ليس من بينهم الدولة لجامعة النيل تحديدًا. و قضت المحكمة بوقف تنفيذ قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 100 لسنة 2011 المطعون فيه بنقل الإشراف الإدارى على الأرض والمبانى الصادر بشأنها قرار رئيس مجلس الوزراء رقمى 305 و356 لسنة 2011 وذلك من وزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات إلى صندوق تطوير التعليم. و قالت المحكمة فى حيثياتها انه لما كان هذا القرار قد استند إلى صدور القرارين رقمى 305 و356 لسنة 2011 بما تضمناه وقد انتهى قضاء المحكمة إلى وقف تنفيذ القرار فى الجزء الخاص المقام عليه المبنى الذى ستشغله جامعة النيل وإلى وقف تنفيذ القرار الأخر وكان من الضرورى أن تقوم الدولة بعد استردادها للأرض وما أقيم عليها من مبانى أن تحدد جهة إدارية تتولى الإشراف عليها، وقد اختارت صندوق تطوير التعليم للقيام بهذا وهو أمر يخضع لسلطلتها التقديرية ولا معقب عليها فى هذا الشأن. و قضت المحكمة بوقف تنفيذ القرار 1366 لسنة 2011 الصادر بتاريخ 27 أكتوبر 2011 المطعون فيه و الذى نص فى المادة الأولى منه على استخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا '' مشروع مصر القومى للنهضة العلمية '' المبانى والمنشأت المقامة على الأراضى التى خصصت لوزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات بمدينة الشيخ زايد محافظة الجيزة والصادر فى شأنها قرار مجلس الوزراء رقما 305 و356 لسنة 2011 والتى تم نقل الإشراف الإدارى عليها إلى صندوق تطوير التعليم بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 100 لسنة 2011 لحين استكمال الإجراءات اللازمة، وفقا للقانون ونص فى المادة الثانية على '' الموافقة على الترخيص للدكتور أحمد زويل بصفته رئيسا لمجلس الأمناء لمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بالتعامل مع الجهات الحكومية وغيرها من الأشخاص المعنوية العامة والخاصة لإنجاز كافة الإجراءات اللازمة لإستكمال المقومات المادية والمعنوية اللازمة للمدينة على أن تعرض هذه التعاملات على مجلس الأمناء للمراجعة والإعتماد. و قالت المحكمة إنه بإستعراض ما ورد فى هذا القرار من أحكام يبين أن الطعن عليه إنما ينصرف إلى المادة الأولى منه فقط دون الثانية إذ لامصلحة للمدعين ولا للخصوم المتدخلين فى الطعن عليها.