تقدم العاملون بالشركة المصرية للملاحة البحرية ببلاغ للنائب العام والمسئولين عن قطاع النقل البحري بوزارة النقل للتحقيق في المخالفات المالية وإهدار المال العام منذ دمج الشركة تحت رئاسة الشركة الوطنية للملاحة، مما ترتب عليه إهدار ملايين الجنيهات بسبب افتقار الشركة الوطنية للخبرة والإدارة الناجحة وضياع حقوق العاملين الذين انخفضت أجورهم وحوافزهم وإحالة بعضهم إلي المعاش المبكر، علي الرغم من وجود بعض الشخصيات داخل الشركة ممن تجاوزوا سن المعاش، ويتم التجديد لهم دون سبب واضح، كما طالب العاملون بالتدخل الفوري لانقاذ الشركة التي تتعرض للافلاس وتشريد موظفيها وعمالها. أكد العاملون صدور قرار علي 90٪ من أسهم الشركة المصرية للملاحة و5٪ للشركة القابضة و5٪ لشركة الحاويات بالاسكندرية دون تخصيص حصة للعاملين بالشركة المصرية للملاحة البحرية، بحجة خلق كيان واحد يضخ استثمارات بالشركة، لكن الشركة الوطنية استنزفت السيولة المتاحة في إعادة هيكلة السفن القديمة بالشركة، من خلال لجنة مشكلة من الشركة القابضة والوطنية وأعضاء من خارج العاملين بالمصرية للملاحة مما كبد الشركة خسائر قدرها 90 مليون جنيه في بداية عام 2009 نتيجة الأزمة المالية العالمية، مما زاد من تعثر الشركة بعد انخفاض قيمة النولون وتراكم الديون لصالح الترسانة البحرية بالاسكندرية وترسانة السويس نتيجة البدء في هيكلة السفن القديمة. وأوضح العاملون أن شركة الملاحة الوطنية سحبت 4.7 مليون دولار علي المكشوف، وأن تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات رصد خسائر الشركة وقدرها مليون و976 ألف دولار، وأن الشركة الوطنية لم تقم بتشغيل السفن المستأجرة في نقل شحنات القمح والفحم، مما تسبب ذلك في خسائر قدرت بمليون و761 ألف دولار. بالاضافة الي ذلك فإن ميزانية شركة الملاحة الوطنية عن عام 2008 تضمنت مخالفات عدة تكشف مدي التلاعب بالمال العام منها تحميل بند الأجور والمرتبات بمبلغ 201101 ألف دولار أمريكي كأقساط تأمين علي الحياة لرئيس مجلس إدارة الشركة ونائبه. وأشار البلاغ إلي أن انهيار الشركة المصرية للملاحة البحرية تسبب في تشريد 1500 عامل.
