قال طارق الزمر القيادي البارز الجماعة الإسلامية "إن اختيار الرئيس محمد مرسي الفريق أول عبد الفتاح السيسي لتولي منصب وزير الدفاع والإنتاج الحربي والقائد العام للقوات المسلحة ضمن عدم انقلاب الجيش عليه". ورأى الدكتور طارق الزُمُر القيادي في الجماعة الإسلامية وفي ذراعها السياسي "حزب البناء والتنمية"، في مقابلة مع صحيفة المصري اليوم، "أن الرئيس محمد مرسي استغل الخلافات الداخلية للإطاحة بالمشير محمد حسين طنطاوي وزير الدفاع السابق والفريق سامي عنان رئيس الأركان السابق". وكان مرسي أصدر، في شهر أغسطس الفائت، قرارات لتغيير قيادات بالجيش تضمنت أن يُحال إلى التقاعد كل من وزير الدفاع والإنتاج الحربي والقائد العام للقوات المسلحة المشير حسين طنطاوي، ورئيس هيئة أركان حرب القوات المسلحة الفريق سامي عنان، وقادة أسلحة الجو الفريق رضا حافظ، والبحرية الفريق مهاب مميش، والدفاع الجوي الفريق عبد العزيز سيف الدين. وقرر مرسي تعيين مدير جهاز المخابرات العسكرية اللواء عبد الفتاح السيسي وزيراً للدفاع وقائد عاماً للقوات المسلحة بعد ترقيته إلى رتبة الفريق أول، وتعيين قائد الجيش الثالث الميداني اللواء صدقي صبحي رئيساً لأركان حرب القوات المسلحة بع ترقيته إلى رتبة الفريق. ومن ناحية أخرى، قال الزمر إنه لا يُمانع في عودة العلاقات الدبلوماسية بين مصر وإيران، غير أنه أكد أن الجماعة الإسلامية ستتصدى لأي محاولة لنشر المذهب الشيعي في مصر. وحول الشباب الذي يسافر إلى سوريا للمشاركة في الأحداث التي تجري هناك، قال الزمر "إن من يسمون أنفسهم بالمجاهدين الذين سافروا إلى سوريا لمناصرة الجيش الحر تسببوا في إحراج الرئيس مرسي؛ فقد كان يجب احترام النظام الشرعي المنتخب في سوريا". وأضاف "نحن ندعم سوريا ولكن في إطار سياسات الدولة المصرية". وجدَّد رفض الجماعة الإسلامية لاختيار نائب مسيحي لرئيس جمهورية، قائلاً "لا نقبل؛ فلا يمكن أن يكون هناك نائب قبطي للرئيس لأنه سينوب عنه في ولايته العامة خلال فترات غيابه و90٪ من الشعب مسلمون". وحول التيارات المناوئة لجماعة الإخوان المسلمين وللإسلام السياسي، اعتبر الزمر أن تلك التيارات فاشلة، و"عليها إدراك أن عصر الليبرالية قد انتهى".
