أقام مركز الضمير الإنسانى للحقوق والحريات دعوى قضائية أمام القضاء الإدارى طالب فى نهايتها بإصدار حكم قضائى بإلغاء تنسيق الثانوية العامة. 2012 الدعوى أقيمت ضد كل من الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية، والدكتور هشام قنديل رئيس مجلس الوزراء، والسيد رئيس مكتب التنسيق العام للقبول والجامعات، طالبت بإصدار الحكم قبل بدء العام الدراسى الجديد. وقالت الدعوى التى حملت الرقم 56387 لسنة 66 ق امام المحكمة إن التنسيق تم بالمخالفة لمبدأ مجانية التعليم ومبدأ الكفاءة، وكذلك مخالفا للقوانين والاتفاقيات الدولية التى صدقت عليها مصر حيث نصت اتفاقية "العهد الدولى للحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية" والتى تم التصديق عليها بالقرار الجمهورى رقم 537 سنة 1981 وصدقت عليها مصر فى عام 1982 م بتاريخ 14 يناير وتنص الاتفاقية فى الفقرة ج من المادة 13، جعل التعليم العالى متاحا للجميع على قدم المساواة، تبعا للكفاءة، بكافة الوسائل المناسبة ولا سيما بالأخذ تدريجيا بمجانية التعليم. فالتنسيق لدخول الجامعات هذا العام جعل المقدرة المالية وليس الكفاءة هى أساس الالتحاق بالجامعات الخاصة وهذا مخالف مبدأ المساواة وتكافؤ الفرص ومجانية التعليم حيث جعل التنسيق أحقية الحاصل على 88 فى المائة دخول كلية الطب بإحدى الجامعات الخاصة بينما حرم هذا التنسيق من حصل على 98 فى المائة دخول إحدى كليات الطب فى الجامعات الحكومية . كما أكدت الدعوى أن ارتفاع معدل القبول بالجامعات الحكومية هذا العام كان أحد أسبابه إضافة درجات الحافز الرياضى للمجموع بدون ضوابط وبالمخالفة للقرار الوزارى رقم 14 لسنة 97 الصادر بشأن ضوابط ضم الحافز الرياضى لدرجات الثانوية العامة.
وطالبت الدعوى فى نهايتها بإلغاء نتيجة التنسيق الثانوية العامة للقبول بالجامعات الحكومية والخاصة للعام الحالى 2012 م للحفاظ على مستقبل أوائل ومتفوقى الثانوية العامة، وإلغاء القرار المطعون فيه الصادر بتحديد الحد الأدنى للقبول بالجامعات الحكومية والخاصة للعام الحالى 2012،على أن يعاد التنسيق مرة أخرى ويتفق مع مبدأ تكافؤ الفرص بين الطلاب الذين يريدون دخول الجامعات الخاصة والطلبة الذين يريدون دخول الجامعات الحكومية.
