ذكرت حكومة ظل الثورة فى بيان لها أسباب رفضها لهشام قنديل رئيسا للوزراء فقالت إن هشام قنديل رئيس قطاع النيل فى النظام السابق وهذا المنصب لا يعين به أى أحد إلا من له ولاء للنظام السابق. وذكرت "ظل الثورة" انهم كحكومة ظل جلسوا معه لتنسيق وعرض بعض المشروعات وحل بعض مشاكل الرى فى المحافظات فى شهر سبتمبر 2011 وكان روتينيا للغاية ولم يبد أى مرونة لحل المشاكل . وأوضحت في بيانها :"الأهم انه استنكر ما أدت إليه الثورة وكان رافضا بشدة لأى نزول للشارع للمطالبة بأى استحقاق ثورى ووصف معتصمى السفارة الاسرائيلية بالمجرمين والبلطجية". الأخطر من ذلك انهم فوجئوا بأن هشام قنديل مصنف داخل وزارة الرى بأنه فلول جدا وموال للنظام السابق جدا . كما ذكرت "ظل الثورة" في بيانها ان الإخوان نفسهم كانوا مصنفين عناصر النظام السابق بثلاثة ألوان أبيض ضرورى التعامل معه .. أخضر ممكن التعامل معه .. أحمر لا يمكن التعامل معه وهشام قنديل كان مصنفا باللون الاحمر . ثم ذكرت حكومة ظل الثورة ... أن هشام قنديل فشل إداريا فى حل الكثير من المشاكل داخل وزارته ومنها على سبيل المثال : 1- أزمة حوض النيل .. حيث تم توقيع الاتفاقية الإطارية التى تحرم مصر من حصتها السنوية الثابتة فى نهر النيل فى اجتماع وزراء النيل الذى تغيب عنه هشام قنديل متعمدا . 2- فشل فى حل مشكلة العمالة المؤقتة داخل الوزارة مع علمه أن أقل موظف مؤقت منهم مدته 15 سنة فأكثر ولم يتم تثبيته او تعيينه حتى على الباب الاول . 3- فشل فى حل مشاكل كثير من الموظفين الروتينية البسيطة داخل الوزارة .. ولم يأخذ منه الموظفون إلا الكلام المعسول فقط ،والأسوأ انه كان يستمع للمديرين والموظفين المتفقين معه فى الرأى حول رفض الثورة ورفض استمرارها واهمية قبول حكم العسكر ... وكان يرفض الاستماع لمن يختلف معه فى الرأى . هذا وأشار د. على عبد العزيز رئيس حكومة ظل الثورة "ان لقاءنا مع د. هشام قنديل لم يكن فيه قنديل على مستوى المسئولية الوزارية ولن نتوقع منه كثيرا لأنه لا يختلف عن عصام شرف فيما يتعلق بطريقة التعامل مع السلطة الاعلى منه". من جانبه اكد د. محمود عرفة وزير الرى والموارد المائية فى حكومة ظل الثورة ان مشاكل د هشام قنديل داخل وزارته أكبر من أن تحصى ولم يشعر العاملون داخل وزارته بوجوده لعدم اتخاذه اى قرارات فى صالح الوزارة او فى صالح الوطن ويكفيه فشلا تغيبه عن اجتماع وزراء النيل لدول حوض النيل والذى تم توقيع الاتفاقية الإطارية فيه".