طالب المهندس محمد الظواهري، شقيق الدكتور أيمن الظواهري، زعيم تنظيم القاعدة، الجمعية التأسيسية للدستور بحذف اى مادة تخالف الشريعة الاسلامية، مؤكدا ان هناك مواد كثيرة تخالف الشريعة وهى المواد التى تنص على أن السيادة للشعب والدولة الديمقراطية وغيرها. وقال الظواهري، فى تصريحات خاصة ل"بوابة الوفد" ما نطالب به هو الشريعة فقط وليس لنا علاقة بالعمل السياسي او العمل الديمقراطي ونطالب بتطبيق الشريعة كاملة كما انزلها رب العالمين". وأكد أن تجاهل تطبيق الشريعة أعلى المظالم التى وقعت على المصريين منذ قدوم الانجليز لمصر. وتابع شقيق زعيم تنظيم القاعدة قوله: الشريعة كلها رحمة وليست كما يصورها البعض، فشرع الله قمة العدالة، ولو طبقت الشرعية فيحق للمسيحيين الاحتكام لشرع كتابهم، مستشهدا برفض تطبيق الراحل البابا شنودة الثالث للنظام العلمانى الذى دعا إليه النظام السابق، لعدم مخالفة الكتاب المقدس، وأن المسلمين وقتها لم يجدوا من يقويهم. واستنكر الظواهري تمسك شيخ الازهر بلفظ "المبادئ" الموجود بالمادة الثانية من الدستور، قائلا: موقف غريب منه فهو عالم وما يفعله مخالف لما تعلمناه ولا يقع فى هذا المأزق.