بعد حالة الصمت الغريبة التي سيطرت على العلماء ورجال الدين في التعليق على الأحداث المتلاحقة والتي انتهت بكارثة مجلس الوزراء وحريق المجمع العلمي، واتهام بعض طوائف المجتمع بأنهم تخلوا عن دورهم الحقيقي خوفا من اتهامهم من جانب المتظاهرين بأنهم ضد الثورة. خرج العلماء ورجال الدين عن صمتهم، حيث أكد الدكتور حسن الشافعي رئيس المكتب الفني للإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، أن ماحدث جريمة لا يقبلها الشرع أو الدين، رافضا أن يتم تدنيس شرف ثورة 25 يناير البيضاء بهذه الممارسات الهمجية التي تسعى للإفساد والتخريب في الأرض على يد مجموعة من البلطجية والمأجورين الذين يعتبروا قنبلة موقوتة تهدد أمن المجتمع بسبب إهمال المسئولين لهم وتركهم حتى وصلوا إلى خطر كبير ممكن أن ينفجر في أي وقت ليأكل الأخضر واليابس في البلاد. ونفى رئيس المكتب الفني لشيخ الأزهر، أن يكون صمت العلماء ناتج عن سلبية أو تخوف من شيئ، مؤكدا في تصريحه لبوابة "الوفد" أن العلماء يقومون بما يرضي الله عنهم وبما يستطيعون فعله، لافتا إلى انتدابه من شيخ الأزهر للوساطة بين المتظاهرين وبين المجلس العسكري بالرغم من فشل هذه المحاولة بسبب تعنت بعض الأيادي الخفية التي لا تريد خيرا لهذه البلاد. وقال الشافعي: إن استشهاد الشيخ عماد عفت خير دليل على إيجابية العلماء ورجال الدعوة في الحيلولة بين تخريب البلاد، مؤكدا أن ما حدث في مجلس الوزراء من حرق المجمع العلمي يعد وصمة عار في جبين المتظاهرين الذين تركوا بعض البلطجية تتاجر بهم وبثورتهم حتى ىلت الأمور إلى ما هي عليه. من جهته، أكد الدكتور محمد مختار المهدي رئيس الجمعية الشرعية وعضو مجمع البحوث الإسلامية، أنه لا يوجد مسلم عاقل يسمح لبعض البلطجية بأن يحرقوا البلاد ويدمروا مقدراتها، مشددا على انه مهما كان من أخطاء من المجلس العسكري فلا يمكن أن تعالج الأمور بهذه الهمجية التي أدمت قلوب المصريين جميعهمن مطالبا بإتاحة الفرصة لالتقاط الأنفاس بعد كل هذه الأحداث، مشيرا الى أننا نستقبل الذكرى الأولى لثورة يناير وقد عدنا إلى ما كنا عليه قبلها. واتهم المهدي بعض الأيادي الخفية بأنها تلعب بمستقبل مصر، مطالبا المجلس العسكري أن يكون صريحا في إبداء الحقيقة خاصة وأن الجميع يشهد بتباطؤ الأداء وعدم السكوت على هذه الجرائم، مؤكدا أن الشرطة لديها من الامكانات ما يمكنها من القبض على هؤلاء المخربين. كما طالب الإمام الأكبر الدكتور احمد الطيب شيخ الأزهر بإيقاف كل أشكال العنف والمواجهات الحالية حقنا لدماء المصريين من كافة الأطراف، وتأكيد الالتزام بسلمية التظاهرات والاعتصامات وحماية المؤسسات والمنشآت والممتلكات العامة والخاصة مع التعبير عن الحزن العميق لما حل بمبني ومحتويات المجمع العلمي العريق الذي يضم تراثا ثقافيا مصريا فريدا ونادرا. وطالب شيخ الأزهر بضرورة محاسبة المسئولين عن أحداث الشغب والعنف وفقا للقانون مع إعلان نتائج التحقيقات أولا بأول والالتزام بوضع المصالح العليا للوطن فوق أي اعتبار و مناشدة الأطراف السياسية المختلفة الحرص علي التوافق الوطني و تفعيل الحوار الإيجابي بينهم وبين شباب الثورة، والحفاظ على الطابع السلمي لثورتهم وتحمل مسئوليتهم بنبذ الخارجين على القانون ولفظ وجودهم لإفساح الطريق نحو استكمال المسيرة الديمقراطية والانتقال نحو الدولة الديمقراطية العصرية التي ننشدها جميعاً. كما طالب الدكتور على جمعة، مفتى الجمهورية، السلطات المختصة بسرعة القبض على من وصفهم ب"الهمج" من الشباب المشتركين فى حرق المجمع العلمى المصرى، وحرق كتب وخرائط مهمة منها الخرائط التى احتكمت من خلالها مصر للمحكمة الدولية واسترجعت طابا. وانتقد مفتى الجمهورية، أسلوب الفرح الذى عبر به الشباب بعد حرقهم للمجمع ورقصهم رقصة الهمج وهم يحرقون بنيان مصر متسائلا: هل هذا إنسان أصلا؟، بحسب وصفه، مشيرا أن هؤلاء الأولاد الذين يرفسون كرفسة البربر الهمج أحرقوا تاريخ أمة.
