أكدت صحيفة (الجارديان) البريطانية أن المنظمات غير الحكومية في مصر تواجه صعوبات جمة بعد الثورة على عكس توقعاتها، حيث كانت تأمل هذه المنظمات في مزيد من الحرية بعد سقوط مبارك، إلا أن آمالها تحطمت على صخرة إجراءات المجلس العسكري الحاكم. ونقلت الصحيفة عن ستيفن مكينيرني المدير التنفيذي لمعهد الديمقراطية في الشرق الأوسط قوله:" في أعقاب الاحتجاج التاريخي في مصر والذي دعا للحصول على الحريات السياسية الأساسية، فإن سلوك الجيش يبعث على القلق العميق، خاصة في تضييق الحريات وإرجاع مصر إلى حقبة الحكم الاستبدادي لمبارك". ومن المقرر إجراء أول انتخابات برلمانية منذ سقوط مبارك في 28 نوفمبر القادم، إلا أن قادة المنظمات غير الحكومية يقولون إن الحكومة الانتقالية شنت "حملة تشويه" ضدهم متهمة إياهم بتلقي ملايين الدولارات، وقد ذهبت بعض الاتهامات إلى حد تحميلهم (المنظمات) مسئولية العنف الذي انتشر في الشوارع خلال وبعد الثورة. وأوضحت الصحيفة إن العديد من المنظمات المحلية منعت من مراقبة الانتخابات المقبلة، كما حظر المجلس العسكري جماعات أجنبية من مراقبة عملية التصويت. ونقلت الصحيفة عن ماجد أديب رئيس مجلس إدارة المركز الوطني للمنظمات غير الحكومية المحلية لحقوق الإنسان قوله: "ما يحدث من الحكومة هو حملة تشهير، وحلقة جديدة من المعاناة التي تواجهها المنظمات غير الحكومية في هذا البلد.. فالاتهامات التي تقول إننا نتلقى أموالا من جهات خارجية لإضعاف أمن مصر تخلق فجوة بيننا وبين المواطنين العاديين". وفي مؤتمر عقد مؤخرا في القاهرة، قال نجاد البرعي، أحد أبرز نشطاء المجتمع المدني إن " الحكومة الجديدة تتعاون مع بعض القوى السياسية لتدمير المنظمات غير الحكومية في البلاد، فالقانون في مصر لا يمنع المنظمات غير الحكومية من الحصول على تمويل خارجي، ولكن يطلب منهم تعريف الحكومة، وفي عام 2010 قدمت الحكومة مشروع قانون للبرلمان -أصبح لاحقا القانون- أعطى جهاز أمن الدولة سلطة الموافقة أو رفض التمويل الدولي للمنظمات.