أصدر العاهل السعودي عبدالله بن عبد العزيز أمرا ملكيا عين بموجبه الأمير محمد بن نايف وزيرا للداخليةخلفا للأمير أحمد بن عبدالعزيز. ووفقا للبيان الذى نشرته وكالة الأنباء الرسمية السعودية مساء الاثنين فإن إعفاء الأمير أحمد بن عبدالعزيز جاء بناء على كتاب رفعه الأمير أحمد للديوان الملكي طلب فيه اعفائه من منصبه. وجاء فى البيان " بناء على ما رفعه لنا سمو وزير الداخلية بطلب إعفائه من منصبه، يعفى صاحب السمو الملكي الأمير أحمد بن عبدالعزيز وزير الداخلية من منصبه بناء على طلبه، ويُعين صاحب السمو الملكي الأمير محمد بن نايف بن عبدالعزيز وزيراً للداخلية." وكان الأمير محمد بن نايف عمل فى القطاع الخاص إلى أن صدر الأمر الملكي فى 13 مايو 1999 بتعيينه مساعداً لوزير الداخلية للشؤون الأمنية بالمرتبة الممتازة. وفى 16 أكتوبر 1999 صدرت الموافقة من ولي العهد نائب رئيس مجلس الوزراء رئيس الحرس الوطني الأمير عبد الله بن عبد العزيز بضمه إلى عضوية المجلس الأعلى للإعلام.