اتهمت منظمة العفو الدولية السلطات الأمنية المصرية باعتقال المئات من أنصار الرئيس محمد مرسي، وحرمانهم من حقوقهم القانونية، ودعتها إلى فتح تحقيق عاجل بشأن تعرّضهم لسوء المعاملة. فيما اتهمت منظمة هيومان رايتس ووتش الجيش المصري باستخدام قوة مميتة ومفرطة لتفريق المعتصمين أمام الحرس الجمهوري. وقالت المنظمة إنها جمعت شهادات من معتقلين اشتكوا من تعرضهم للضرب أو الصدمات الكهربائية أو الضرب بأعقاب البنادق لدى إلقاء القبض عليهم، ويتعيّن على السلطات المصرية التحقيق في هذه المزاعم على وجه السرعة واحترام حق المحاكمة العادلة للمتهمين بالتحريض على العنف أو المشاركة فيه خلال الأسبوعين الماضيين. وأضافت أن محامين مصريين أبلغوها أن أكثر من 660 شخصاً اعتُقلوا في العاصمة القاهرة وحدها، بما فيهم قادة بارزون من جماعة الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة المنبثق عنها، منذ الإطاحة بالرئيس مرسي في الثالث من يوليو/تموز الحالي. وأشارت المنظمة نقلاً عن المحامين المصريين أن عدداً غير معروف من المعتقلين ما زالوا رهن الاحتجاز بسبب عدم قدرتهم على دفع الكفالة التي تتراوح قيمتها بين ألف جنيه مصري ( 142.8 دولارا) وخمسة آلاف جنيه. وقالت حسيبة حاج صحراوي، نائبة مدير برنامج الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في منظمة العفو الدولية، إن الأكثر أهمية في هذا الوقت من الاستقطاب الشديد والانقسام أن يوضّح مكتب النائب العام أنه مستقل حقاً وغير مسيّس، لأن الاعتقالات سيتم النظر إليها على أنها مجرّد قصاص بدلاً من تحقيق العدالة. وأضافت صحراوي أن بناء الثقة في نظام العدالة سيكون مستحيلاً إذا استهدف مؤيدي مرسي والإخوان المسلمين فقط، وبرّأ قوات الأمن من المسؤولية عن عمليات القتل غير القانونية وفشلها في حماية المتظاهرين من العنف. وأعربت منظمة العفو الدولية عن خشيتها من أن ظروف احتجاز المعتقلين قد تصل إلى حالة من حالات الاختفاء القسري بعد رفض تزويد أفراد عائلاتهم بأي معلومات عن مكان ومصير أقاربهم، ودعت السلطات المصرية إلى فتح تحقيق كامل حول التقارير عن تعرض المحتجزين للضرب وسوء المعاملة وخاصة عند اعتقالهم. من جهة أخرى اتهمت منظمة هيومان رايتس ووتش الجيش المصري باستخدام قوة مميتة ومفرطة لتفريق المعتصمين أمام الحرس الجمهوري في الثامن من هذا الشهر. وطالبت المنظمة الرئيس المصري المؤقت عدلي منصور بإجراء تحقيق محايد يتولاه القضاء المدني وبمحاسبة المسؤولين، مشيرة إلى أن التحقيق لم يتم مع أي عسكري في الواقعة التي أدت إلى مقتل أكثر من مائة متظاهر.
