رفض مجمع البحوث الإسلامية بغالبية أعضاءه، مشروع الصكوك الإسلامية، كما رفضته اللجنة المخصصة لدراسته حيث تحفظ الأعضاء على العديد من مواد المشروع. وقد ناقش المجمع مشروع القانون بعد أرسله الدكتور أحمد الطيب الإمام الأكبر شيخ الأزهر. واستعانت اللجنة – المخصصة لدراسته - بثلاث خبراء اقتصاديين، وهم الدكتور حسين شحاتة، الخبير الاقتصادى والأستاذ بجامعة الأزهر، والدكتور يوسف إبراهيم، مدير مركز صالح كامل الاقتصادى، والدكتور رفعت العوضى، أستاذ الاقتصاد الإسلامى بجامعة الأزهر الشريف. وسجل أعضاء اللجنة بعض الملاحظات على بعض مواد المشروع ، منها كلمة سيادية المرفقة بمسمى المشروع، نظرا لما تمثله من خطورة معينة، مثل ألا يجوز الطعن عليها، مفضلين أن تسمى الأمور بأسمائها، وهى أن تسمى تمويل العجز فى الموازنة، كما تحفظت على شراء الصكوك من الخارج، أى من الأجانب، وهذا يفتح المجال لدخول الأجانب وتملكهم لأصول فى الدولة المصرية، وأنه ينبغى أن يقتصر هذا النص على المصريين فقط. كما أن مشروع القانون يحوى أن يكون التأجير 60 سنة، وهذه مدة كبيرة لأنها تمثل عمر جيل ولأن متوسط عمر الإنسان هو 60 عاما، وأنه لا بد أن تقلص تلك المدة، و ألا تكون تلك الصكوك تحت إمرة الرئيس فقط أو رئيس الوزراء بل لا بد أن تعرض على البرلمان. ومن جانبه أكد الدكتور محمد رأفت عثمان، عضو المجمع، أن على رأس المواد التى تحفظ عليها غالبية أعضاء المجمع أحقية تملك الأجانب لتلك الصكوك، بينما رفض غالبية أعضاء المجمع التصريح بأى شىء وأحالوا الأمر إلى مشيخة الأزهر. يذكر أن الدكتور محمد مرسى، رئيس الجمهورية، أرسل مشروع القانون إلى الإمام الأكبر شيخ الأزهر، والذى بعثه لمجمع البحوث الإسلامية لمناقشته، وتمت مناقشته فى لجنة البحوث الفقهية برئاسة الدكتور عبد الفتاح الشيخ وبعضوية الدكتور على جمعة مفتى الجمهورية، والدكتور محمد عمارة، والدكتور محمد الشحات الجندى، والدكتور نصر فريد واصل، والدكتور محمد رأفت عثمان.
