زعمت وزارة الحرب الأمريكية أن الباكستاني خالد شيخ محمد المعتقل في معتقل جوانتانامو قد أقر بتخطيطه لهجمات الحادي عشر من سبتمبر 2001, ولهجمات كبرى أخرى. وبحسب البيان الذي تلاه أحد الضابط الأمريكيين باعتبار أنه يمثل خالد شيخ في جلسات الاستماع قال البيان المزعوم إن خالد شيخ هو المسئول عن عملية 11 سبتمبر من الألف إلى الياء. ووصف خالد شيخ نفسه- في البيان - بأنه مدير العمليات لأسامة بن لادن, ولم يكتف بالإشارة إلى هجمات 2001 بل قال إنه خطط بعدها لموجة هجمات ثانية. وأشار خالد شيخ – بحسيب زعم البيان - إلى ضلوعه في هجمات كثيرة أخرى وصل عددها 29 بينها الهجوم على مركز التجارة الدولي في 993, وتفجير ملهى ليلي في بالي في إندونيسيا. كما شملت الخطط محاولات لاغتيال رؤساء أميركيين سابقين بينهم بل كلينتون وجيمي كارتر ومحاولة قتل البابا جون بولس الثاني خلال زيارة إلى الفلبين. وكان قد اعتقل خالد شيخ في باكستان في 2003 وسلم إلى الولاياتالمتحدة واحتجز في مكان سري منذ ذلك التاريخ قبل أن يعلن نقله إلى جوانتانامو العام الماضي.