تواصل الأذرع الأمنية لنظام عبد الفتاح السيسي, في انتهاج سياسات قمعية , كالتصفية والقتل البطئ عبر الاهمال الطبي في السجون والاعتقال التعسفي والإخفاء القسري, حيث أصدرت المنظمة العربية لحقوق الإنسان في بريطانيا تقريرا يوثق جرائم النظام تجاه حقوق الإنسان في الربع الثالث من العام 2017 في الفترة منذ الأول من يوليو 2017 وحتى آخر سبتمبر 2017. ووثقت المنظمة في تلك الفترة , وقائع قتل 56 شخصًا خارج إطار القانون في محافظات مصر عدا سيناء , موضحةً أن قوات أمن النظام قتلت 21 من مناهضي الانقلاب العسكري بالتصفية الجسدية المباشرة, أثناء عمليات اعتقالهم , ولقى 34 معتقلًا مصرعه داخل مقار الاحتجاز المختلفة ,بينما قتل مواطن واحد أثناء فض الأمن لتجمع احتجاجي في جزيرة الوراق المصرية.
وأضاف التقرير أنه خلال فترة الرصد وإثر عمليات الجيش الأمنية في سيناء بلغ عدد القتلى من المدنيين 191، منهم 173 شخصا قال الجيش إنهم قتلوا نتيجة مواجهات أمنية، والبقية قتلوا بصورة عشوائية بحسب بيانات رسمية صادرة عن الجيش المصري، أما عدد المعتقلين في سيناء أثناء فترة الرصد، فقد بلغ 88 شخصاً، منهم 30 أعلن المتحدث الرسمي للقوات المسلحة المصرية أنهم مطلوبون أمنياً، بينما اعتقل 58 شخصاً بدعوى الاشتباه. وأكدت المنظمة في التقرير , أنه خلال الفترة الموضحة قامت قوات أمن النظام العسكري , باعتقال 801 شخصاً، بينهم 19 قاصراً، مشيرة إلى أن معظم هولاء تم تعرضهم للإخفاء القسري لمدة 24 ساعة على الاقل, وبعضهم مزال قيد الإخفاء القسري حتى الان . وألقى التقرير, الضوء على حملات الاعتقال التي شنتها قوات الأمن بحق طلاب من مسلمي الأويجور من تركستان الشرقية المتواجدين بمصر بغرض الدراسة في جامعة الأزهر, مشيرًة إلى أن الحملة اعتقلت ما لا يقل عن 80 طالبًا , حيث تم اقتيادهم إلى أماكن مجهولة دون تمكينهم من حقوقهم المدنية , موضحة أن تلك الحملة المسعورة جاء بعد مرور أقل من شهر على زيارة نائب وزير الأمن الصيني للقاهرة، والتي طالب خلالها السلطات المصرية بتسليم الطلاب الأويغور للصين. وتطرق التقرير أيضا , إلى أوضاع المحاكمات التعسفية التي تُقام في مصر ضد مناهضي النظام العسكري, حيث تم رصد أحكام الإدانة في تلك القضايا بالسجن المؤبد على 419 شخصاً، وتم الحكم بالسجن المشدد أكثر من 5 سنوات على 501 شخص، بينما تم الحكم بالسجن من 3 سنوات وحتى 5 سنوات على 348 شخصاً، وصدرت أحكام بالحبس من شهر وحتى أقل من 3 سنوات في حق 28 شخصاً، بالإضافة إلى التصديق على الحكم بإعدام 74 شخصاً.