بدأت بوادر الأزمة بين السيسي وشفيق منذ عام تقريبًا، وذلك عندما بثت بعض القنوات الفضائية تسريبًا مزعومًا للأخير قبل إجراء الانتخابات الرئاسية الماضية ينتقد فيه وقوف المؤسسة العسكرية خلف السيسي، رافضًا خوض الانتخابات؛ لأنها مجهزة قائلاً: "ترشيح الجيش للسيسي جهل غريب وقلة خبرة والانتخابات ستبقى عملية هزلية"، هذا التسريب الذي خلق فجوة كبيرة بين الطرفين، خاصة أن شفيق رفض نفي هذا الكلام واكتفى فقط باللوم على القنوات التي تناقلته. رفض السيسي حينها التعليق على التسريب واكتفى بوضع اسم شفيق على ترقب الوصول لأجل غير مسمى، هذا الرد الذي اعتبره حزب شفيق جرس إنذار خاصة بعض أن أعلن تحالف الجبهة المصرية في شهر فبراير الماضي تشكيلهم لقائمة انتخابية يقودها شفيق ولكن وضع اسم الفريق على قوائم ترقب الوصول، منعه من العودة بل وتراجعه عن الانتخابات. "أنت الرئيس" وخروج الصراع للعلن كان ظهور حملة "أنت الرئيس" هي المرحلة الثانية، وكان لها دور في خروج الصراع للعلن؛ حيث فوجئ الجميع ببوسترات تملأ شوارع وسط البلد المحيطة بنقابة الصحفيين ببوسترات "عايزين شفيق رئيس" في بداية شهر مايو الحالي، تطالب بعودته للقاهرة وتمكينه من رئاسة الجمهورية؛ مؤكدين أنه الأحق بها لتزوير الانتخابات الرئاسية 2012 لصالح منافسه محمد مرسي. "مرسي الرئيس المنتخب" تصل بالأزمة للذروة مرسي رئيس شرعي قالها قائد الانقلاب عبدالفتاح السيسي خلال زيارته لألمانيا، وكأنه رسالة للفريق أحمد شفيق، الذي مازال يعمل "زورًا" على إثبات أن الانتخابات الرئاسية 2012 زورت لصالح مرسي. منع الأجهزة الأمنية لحوار شفيق مع الإعلامي عبدالرحيم علي من الإذاعة، الذي فتح خلاله النيران على الجميع، وهاجم الأجهزة الأمنية وأعلن بوضوح الأزمة بينه وبين النظام الحالي عندما رفض العودة لمصر حاليًا قائلًا "المقاتل مايسيبشى رقبته لأعدائه عشان يطيروها". هذا وقد حذر موقع "المونيتور" الأمريكي، من الانتفاضة الإعلامية التي قادها شفيق، مؤكدًا أن عودته ستسبب قلقًا لقضاة لجنة انتخابات الرئاسة عام 2012، وقيادات عسكرية سابقة مثل المشير طنطاوي، لاقترانها بزيادة التحدّث عن فتح ملف تزوير انتخابات عام 2012 وعما يتردّد عن تورّطهم فيها. وأضاف الموقع، في تقرير له، أن الأمر قد يزداد حساسيّة في ظل الاتّهامات الّتي يوجّهها ناشطون للقضاء بأنّه مسيّس، وربّما كان ذلك السبب وراء تصريحات السيسي خلال المؤتمر الصحفيّ في ألمانيا الّتي أكّد فيها أنّ مرسي كان الفائز الحقيقيّ في انتخابات عام 2012. ورغم تبرئة القضاء المصريّ لشفيق من كلّ ما نسب إليه من اتّهامات، لم يرفع اسمه من قوائم ترقّب الوصول والمنع من السفر. أخطر 10 تصريحات لشفيق مرسي "خرج من الحكم "غلط" مرسي "جاء الحكم غلط وخرج غلط"، لا يستطيع أحد أن يمنعني من ممارسة الحياة السياسية حتى آخر عمري ومن حقي كما من حق الجميع السعي لأن أشكل الحكومة وتكوين كتلة". "اسألوا بجاتو" مَن زوّر النتيجة؟ الفريق "سامي عنان" والمخابرات العامة وبعض الدول العربية أبلغوني بفوزي بالانتخابات الرئاسية والنتيجة النهائية كانت لصالحي ولكن حدث تلاعب في وقت متأخر وزورت النتيجة لصالح مرسي، عليكم أن تسألوا "بجاتو" مَن زور النتيجة؟ كل نظام مبارك موجود.. "اشمعنا أنا" المسئولون في الدولة حاليًا كلهم من نظام المخلوع حسني مبارك، "اشمعنى أنا اللي مبقاش موجود؟" أنا شريك كفاح، والمخابرات عارفة ده، لأني كنت على اتصال بها، ومعروف دور أحمد شفيق إيه، وكل المسؤولين دلوقتي من نظام مبارك اشمعنى أنا اللي مبقاش موجود". "لو فضلت في مصر كانوا هيغتالوني" لو كنت استمرت في مصر لقتلت على أيدي أعدائي داخل السجون ولدس لي السم في الطعام. "كل واحد بيهاجمني يتلم عني، لأن عندي معلومات كثيرة" "كل واحد بيهاجمني يتلم عني، لأن عندي معلومات كثيرة، واعتبروني زميل لأجهزة الأمن، ولدي من المعلومات الكثير، خلوني ملموم وساكت أحسن". "استشفيت منظر مريحنيش في يوم الانقلاب على مرسي" "استشفيت منظر مريحنيش، يوم 3 يوليو، وخصوصًا لما رفضوا إنى أحضر البيان "ووقعت خيانة، قبل إعلان نتيجة انتخابات الرئاسة، طنطاوي سألني عن تقبل الشارع لفوز محمد مرسي في الشارع. "ترقب الوصول منعني من النزول" المرة الوحيدة التي قررت فيها النزول لمصر، بعد سفري للإمارات العربية المتحدة، بعد خسارتي الانتخابات الرئاسية، يوم ما شقيقي تعب جدًا، وقررت أنزل مصر وحجزت في طائرة 1 إلا عشرة بالليل ووزير الداخلية كلمني 3 مرات، وجهز لي المدرعة، وكله كان جاهز، ولكني اُبلغت أن شقيقي سيسافر إلى ألمانيا فعدلت عن فكرة السفر وسافرت إلى ألمانيا. ووزير الداخلية قالي بنفسه مفيش ترقب وصول، وأنا مش صغير علشان أنزل المطار واستنى، ولكن ما زال منع السفر موجودًا، وهذا يمنعني من النزول". "مفيش حاجة اسمها موقعة جمل" " مفيش حاجة اسمها موقعة جمل هما كانوا جمل واحد و8 أحصنة، والثوار أسقطوهم على الأرض، ويوم تنحي مبارك عندما تم إخلاء قصر الاتحادية، ذهبنا إلى مبنى الحرس الجمهوري؛ حيث جلست مع وزيري الداخلية والخارجية وقتها وأيضًا زكريا عزمي وعمر سليمان، وطلبوا التحدث مع المشير حسين طنطاوي، فذهبت أنا وعمر سليمان إلى المشير وجلسنا غرفة مغلقة، وقبل ترك مبنى الحرس الجمهوري دخل علينا جمال مبارك وسلم سلامًا باهتًا جدًا، والوضع كان صعبًا، والكل كان عارف إن التنحي خلال ساعات إن لم يكن تم". "سألتهم هتعملوا إيه؟"، فردوا: "مستنيين الرئيس يتخذ قرارًا في الموضوع"، وطلبوا من عمر سليمان أن يتحدث إلى الرئيس حول الموقف، فتحدث في التليفون مع مبارك وأخبره أن الناس على أبواب الاتحادية، فرد الرئيس: "أنا موافق على التنحي، وهاتنحى بس خلوا الموضوع دا بالليل، أما تكتمل الأسرة عندي".
