يبدو أن نشاط المستشار هشام جنينة رئيس الجهاز المركزى للمحاسبات فى كشف فساد الأجهزة السيادية و نظام الانقلاب العسكري , يؤرق النظام الانقلابي, فتقدم رئيس اللجنة النقابية المستقلة للعاملين بالجهاز المركزى للمحاسبات ببلاغ يطالب فيه قائد الانقلاب العسكرى عبد الفتاح السيسي بعزل المستشار هشام جنينة، حفاظاً على الأمن القومى للبلاد. وأفاد البلاغ المقدم أن التحقيقات قد جرت مع "جنينة" لاتهامه بتأسيس "قضاة من أجل مصر"بالاشتراك مع آخرين من بينهم المستشار زكريا عبدالعزيز رئيس نادى القضاة السابق، والمستشار محمود مكى نائب رئيس الجمهورية السابق وشقيقه المستشار أحمد مكى وزير العدل الأسبق، والمستشار أحمد سليمان وزير العدل السابق، والمستشار ناجى دربالة نائب رئيس محكمة النقض، والمستشار محمود الخضيرى القاضى السابق والمحبوس حالياً على ذمة قضية الاشتراك فى تعذيب أحد المواطنين، والمستشار حسام الغريانى رئيس مجلس القضاء الأعلى الأسبق، وآخرون. وقال البلاغ إن هشام جنينة أساء استعمال السلطات والاختصاصات المخولة إليه بما يعود بالضرر على المهام الرقابية للجهاز والإضرار بمصالح العاملين والتنكيل بالمعارضين، إذ أصدر من خلال مدير مكتبه تعليمات «كتاب دورى رقم 3 لسنة 2013» يلزم فيه أعضاء الجهاز بتقديم التقارير الرقابية محفوظة على «C.D» نسخة إلكترونية من التقرير، الأمر الذى أسهم وتسبب فى تسريب تقارير الجهاز لكل راغب فيها فى الداخل والخارج بما من شأنه إتاحة المعلومات الاقتصادية لمصر للجهات المعادية فى الداخل والخارج، كما اتهم جنينة برفض تشكيل لجنة تقصى حقائق حول ما نسب للجهاز من القيام بدور مشبوه فى بيع المال العام «شركات ومصانع القطاع العام» مع أن هذا الأمر استند إلى أحكام القضاء الإدارى ومن بعدها المحكمة الإدارية العليا، وسخر اختصاصات الجهاز والأعضاء لملاحقة خصومه الشخصيين خصوصاً المستشارين، وسخر اختصاصات الجهاز للحصول على تقارير الكسب غير المشروع مستخدماً سلطات الجهاز فى الحصول على معلومات محظورة لتعلقها بقضايا منظورة خاصة برموز النظام السابق رغم علمه ببطلان تدخله فى عمل لجان الكسب غير المشروع. ومن جانبة أكد المستشار هشام جنينة، رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات، أن الاتهامات الموجهة من قبل بعض أعضاء الجهاز المركزي للمحاسبات أنه ينتمي للإخوان المسلمين، وأنه خطر علي الأمن الوطني باطلة ليس لها أي أساس من الصحة. وأضاف جنينة فى تصريحات صحفية , أن تلك الاتهامات كيدية ويعلم جيدا أنه يحارب من داخل وخارج الجهاز لمنع كشف فساد مشيرا إلى أن منصبه محصن ولا يجوز لأي شخص أن يقيله بناء على القانون والدستور. وأشار جنينة إلى أن بعض أعضاء الجهاز الذين يتقدمون ضده ببلاغات يتم التحقيق معهم من قبل الشئون القانونية في الجهاز لتورطهم في بعض القضايا. وأكد جنينة أن تلك البلاغات لن ترهبه ويحترم أحكام القضاء ومتوقع أن يحدث الكثير من تقديم البلاغات. ويلفت الى أن المستشار هشام جنين كشف مخالفات بعدد من مؤسسات الدولة المختلفة، وبعض الأجهزة الحكومية المتورطة فى قضايا الاستيلاء على المال العام. وأكد المستشار هشام جنينة مؤخرًا فى مؤتمر صحفي، أن هناك تقارير شملت كبار المسئولين الحاليين والسابقين في الدولة قاموا بالإستيلاء على المال العام وتم تقديمها إلى الجهات الرقابية وتم حفظ التحقيقات من هذه الجهات، دون أن تعلن هذه الجهات عن أسباب الحفظ، ويجب على جهات التحقيق أن تعلن أسباب الحفظ على الرأي العام. وقال جنينة، "إن لم تكن هناك شفافية لن يحدث أي تقدم في مجال مكافحة الفساد، ومصر من الدول التي وقعت على مواثيق مكافحة الفساد، ورغم ذلك فإن الفساد يتعاظم، ولقد تلقينا تهديدهات سافرة بسبب فتح ملفات الفساد، وأنا لا أقبل أن يوجه تهديد لعضو بلجنة رقابية بالجهاز المركزي للمحاسبات لإكتشافه قضايا فساد، وإذا بالمؤسسات الرقابية هي التي تخضع لعمليات إرهاب وتنكيل بها، لذا أناشد رئيس الجمهورية حماية الأجهزة الرقابية".