أكدت رسالة ماجستير، ناقشتها كلية اللغة العربية بفرع جامعة الأزهر بأسيوط، أن الأزهر «يؤيد» جماعة الإخوان المسلمين في مجال الدعوة الإسلامية، و«يرفضها ويعترض عليها بشدة سياسياً». وقالت الرسالة - التي أعدها الباحث حسين أحمد محمد السيد تحت عنوان «العلاقة بين الأزهر الشريف وقوي وجماعات التيارات الإسلامية في مصر» - إن علاقة الأزهر بالإخوان المسلمين ترتكز علي ثلاثة محاور رئيسية هي، تأييد الأزهر للإخوان في الجانب الدعوي، بدليل اللقاءات المتعددة والعلاقات القوية التي ربطت بين الشيخ مصطفي المراغي، شيخ الأزهر الأسبق، والشيخ حسن البنا، مؤسس جماعة الإخوان، والرسائل الكثيرة التي أرسلها الإخوان إلي الأزهر ولقيت قبولاً شديداً. وأضاف الباحث: «المحور الثاني هو رفض الأزهر واعتراضه الشديد علي الجانب السياسي للإخوان المسلمين ودمجهم بين الدين ومتطالباتهم الخاصة، أما الجانب الثالث في علاقة الأزهر بالإخوان المسلمين فيتمثل في الناحية العلمية، حيث عانت جماعة الإخوان من الضعف العلمي والثقافي الشديد بشهادة الدكتور يوسف القرضاوي، رئيس الاتحاد العالمي العلماء المسلمين، والتي تضمنتها مذكراته وقال فيها: جماعة الإخوان المسلمين عندها ضعف في الجانب العلمي، لأن قياداتها لا يريدون أناساً مثقفين بل يريدون جنوداً مطيعين، كما قال سيدنا إسماعيل لأبيه (يا أبتي افعل ما تؤمر). وفيما يتعلق بموقف الأزهر من الوهابيين، أكد الباحث أنه طاردهم بشدة ومن ذلك فتوي الشيخ أبوالفضل الجيزاوي، شيخ الأزهر الأسبق، رفض الفكر الوهابي، لأنه قائم - حسب قوله - علي الجهل وعدم العلم، وأنه لا يجوز شرعاً تبديع أو تكفير أو تشريك المسلمين، مشيراً إلي أن الوهابيين يدعمون جماعة أنصار السنة في مصر ويمولونها، وأن هناك فتوي لمؤسس أنصار السنة، حامد الفقي، بتكفير الأزهر لأنه يتبني عقيدة الأشعرية. وحول علاقة الأزهر بالصوفية، أكد الباحث أن الأزهر تبني فكر التصوف الصحيح، مثل تصوف الشيخ عبدالحليم محمود، شيخ الأزهر الأسبق، والشيخ محمد متولي الشعراوي، بينما رفض التطبيقات الخاطئة التي تحدث من المنتسبين للتصوف في الموالد. وأوصي الباحث في نهاية رسالته بضرورة الالتفاف حول مرجعية دينية واحدة في الفتوي والفكر الديني، وأن تتاح لطلبة الجامعات المصرية ممارسة جميع الأنشطة السياسية والفكرية داخل أسوار الجامعة دون قيد أو شرط، طالما التزموا بضوابط الممارسات السياسية، وأن يكف الوهابيون وأنصار السنة عن استخدام خطابات التكفير والتشريك والتبديع في حق المسلمين المخالفين لهم، وأن تكف كذلك جماعة الإخوان عن استخدام «آلة التجنيد الإخوانية» - حسب وصفه - علي أساس الدعوة إلي الدين والسياسة معاً لتحقيق أهدافها السياسية.
