وجهت حركة شباب 6 ابريل رسالة تهنئة د. محمد مرسى رئيس الجمهورية لفوزه بانتخابات الرئاسة .وأكدت أن الحركة ستعمل مع مرسى على تحقيق أهداف الثورة، وستضغط من أجل تسليم حقيقي للسلطة في 30 يونيو الحالي ورفض أي تحكم للعسكر في السلطة استناداً لإعلان الدستوري الأخير أو مجلس الدفاع الوطني وكذلك رفض الضبطية القضائية ورفض حل مجلس الشعب المنتخب بإرادة شعبية .ومن جانبه صرح مؤسس الحركة والمنسق العام أحمد ماهر أن هذا اليوم هو يوم هام في تاريخ مصر , فأخيرا تم انتخاب رئيس للجمهورية منذ 7 آلاف عام والأهم أنه رئيس مدني من خارج المؤسسة العسكرية .وأكد ماهر أن الحركة ستساند الرئيس المنتخب في أي مشروعات تنموية وإصلاحية وأى مشروعات قومية للنهضة بمصر, وأن الحركة ستكون المساند له في جميع التحركات لبناء مصر وأيضا ستكون المراقب والضامن لعدم الخروج عن المسار .وشدد ماهر على الرئيس المنتخب د. محمد مرسى البدء العملي في تنفيذ تعهداته للشعب المصري الخاصة بتشكيل الفريق الرئاسي وتشكيل الحكومة الائتلافية، وأن يكون رئيس لكل المصريين, وطالبه ماهر بضرورة التأكيد العملي على عدم المساس بالحريات العامة, وكذلك التشديد على المساواة بين كل المصريين أمام القانون سواء كان الجنس أو الدين او اللون .