تمكنت الأجهزة الأمنية بالتعاون مع فرع الأمن العام وإدارة الأمن الوطني وقطاع الأمن المركزي ومنطقة الإدارة العامة لشرطة النقل والمواصلات بشمال الصعيد، من ضبط بعض العناصر الإجرامية والتوصل إلى من لديهم بعض المعلومات عن مرتكبي واقعة إطلاق النيران على أحد القطارات وإصابة سائق القطار ومساعده. حيث تم ضبط كل من "محمد ربيع سيد محمد" 30 سنة، مدرس، وبحوزته صورة للرئيس المعزول محمد مرسي ومدون عليها الإخوان المسلمين والزلزال الصحوة، و"رضا عواد إبراهيم علي" 30 سنة، فلاح، وبحوزته كتابين الأول بعنوان البرنامج الرئاسي للرئيس المعزول محمد مرسي والثاني الإخوان المسلمين وثورة 25 يناير. كما تم القبض على "ناصر بدري محمد عبد الرحمن" 28 سنة، مدرس، وبحوزته 3 كتب الأول بعنوان البرنامج الانتحابي لحزب الحرية والعدالة والثاني كلمات مرتجلات لحسن البنا، والثالث ماذا قدم "الإخوان المسلمين" لمصر والإسلام، و"رجب محمد عبد الرحمن" 27 سنة، حاصل على دبلوم، وبحوزته صورة للرئيس المعزول مدون عليها مصر لها رئيس، وكتاب مدون عليه المرشد حسن الهضيبي أسد الدعوة وحارسها، و"محمد عبد الفتاح عبد الدايم إبراهيم" 33 سنة، حاصل على دبلوم وبحوزته صورة للمعزول، و3 كتب الأول بعنوان معالم منهج الإخوان للإمام حسن البنا، والثاني البرنامج الرئاسي للرئيس المعزول محمد مرسي، والثالث لحزب الحرية والعدالة. كما تم القبض على "رمضان أحمد محمد عبد المالك" 35 سنة، حاصل على دبلوم، وبحوزته كتاب بعنوان الإخوان المسلمين و25 يناير، ولافتة مدون عليها لوجو الدعوة، وشقيقه "ربيع" 35 سنة، حاصل على دبلوم، وبحوزته 3 كتب الأول بعنوان الإخوان المسلمين من نحن وماذا نريد، والثاني قراءة في الفكر الإسلامي والحركة الإسلامية، والثالث الإخوان المسلمين الزلزال والصحوة، ومقيمين جميعًا بناحية قرية التوفيقية بمركز سمالوط. وبمواجهتهم بما أسفرت عنه التحريات، اعترفوا بحيازتهم للمضبوطات وانتمائهم لجماعة الإخوان، واعتناقهم أفكارها التي تدعو إلى تبني العنف، وكلفت إدارة البحث الجنائي بتطوير مناقشة المتهمين؛ للوقوف على أبعاد نشاطهم الإجرامي، وتكثيف التحريات مع البحث عن مرتكبي الواقعة. وكان اللواء أسامة متولي، مساعد وزير الداخلية لأمن المنيا، قد تلقى إخطارا من مأمور مركز شرطة سمالوط، يتضمن قيام مجهولين بإطلاق الأعيرة النارية صوب القطار رقم 164 القادم من القاهرة ومتجه إلى محافظة أسوان، وتسبب الحادث في توقف حركة القطارات لمدة ربع ساعة.
