تعتبر اللائحة الطلابية من اهم مشاكل الجامعات واكثرها جدالا بين الطلاب .. فرغم اعتمادها من مجلس الوزراء إلا أن طلاب القوى الثورية أعلنوا رفضها ووصفوها بأنها لائحة الاخوان المسلمين . وأقامت مؤسسة حرية الفكر والتعبير كممثلة عن محمد ناجى الطالب بجامعة حلوان دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى، للمطالبة بإلغاء قرار رئيس الوزراء بتعديل نصوص اللائحة الطلابية. واختصمت الدعوى كل من رئيس الجمهورية، ورئيس مجلس الوزراء، ووزير التعليم العالى، ورئيس جامعة حلوان، وأوضحت الدعوى ان اقرار رئيس الوزراء للائحة مخالفه للمادة 162 من الدستور التى لا تجيز لرئيس الوزراء إصدار اللوائح التنفيذية للقوانين إذا كان القانون قد منح هذا الاختصاص لجهة أو سلطة أخرى والمنوط بوضع اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات التى تشمل نصوص اللائحة الطلابية هو رئيس الجمهورية وفقاً لنص المادة 196 من القانون الأخير . ويهدد الطعن على اللائحة الجديدة بعدم اجراء الانتخابات الطلابية والتى كان من المقرر ان تبدأ الفصل الدراسى الثانى طبقا لتصريحات الدكتور مصطفى مسعد وزير التعليم العالى ليكون مصير تلك الانتخابات معلق بين السما والارض . ومن اهم القضايا أيضا التى تنتظر الجامعات مع بداية التيرم الثانى مشكلة الانفلات الامنى التى انتشرت بشكل كبير فى الفصل الدراسى الاول .. ورغم وعود وتصريحات رؤساء الجامعات بانهاء المشكلة من خلال زيادة اعداد افراد الامن ودعم الجامعات بابواب الكترونية للكشف عن المعادن الا ان حالة من الذعر مازالت تصيب الطلاب بسبب عدم تنفيذ تلك الوعود على ارض الواقع ووصفوها بانها " تصريحات جرائد " . واعلن عدد من طلاب من خلال موقع التواصل الاجتماعى عن انشاء جماعة بلاك بلوك الاتحادات الطلابية لمحاربة الفساد بالجامعات وتطهير الاتحادات الطلابية، والتصدي لاهدار للمال العام وانهم سيبدأون نشاطهم مع بداية الفصل الدراسى الثانى . وفى اول رد فعل اكد عدد من المسئولين بالجامعات انهم لن يسمحوا بان تتحول ساحة الجامعات الى " حرب شوارع " لانها منبر للعلم فقط وان التعامل مع هؤلاء الطلاب سيكون من خلال التحاور لان العنف لا يأتى بنتيجة . و مازالت الخلافات بين جامعة النيل وبين مدينة زويل مستمرة وتنتظر حكم المحكمة للفصل فيها .. واعلن طلاب جامعة النيل استمرارهم فى الاعتصام فى الحديقة المقابلة لمدينة زويل حتى ان يتم استرداد الارض والمبنى التى تم منحها لمشروع زويل .. واكد الطلاب انهم سيستأنفون الدراسة فى مقر اعتصامهم حتى ان يتم تنفيذ مطالبهم .. وكان النزاع بين جامعة النيل ومدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا قد بدأ عقب ثورة 25 يناير 2011، عندما اصدر رئيس الوزراء آنذاك أحمد شفيق قرار 305 لسنة 2011، بقبول تنازل مجلس أمناء المؤسسة المصرية العامة لتطوير التعليم التكنولوجى عن حق الانتفاع بالأراضى القائم عليها مبانى جامعة النيل بمدينة الشيخ زايد. واعقب ذلك قرارات من حكومة الدكتور عصام شرف بمنح مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا حق استخدام هذه المبانى، ولجأ طلاب جامعة النيل إلى رفع دعاوى قضائية ونظموا اعتصاما مفتوحا قبل بداية العام الدراسى الحالى 2012/2013.
