اشتعلت الخلافات بين أعضاء الجماعة الإسلامية أثناءاجراء الانتخابات الداخلية للجماعة في المحافظات بسبب حصر أعضاء الجماعة أثناء التصويت الجماعة حيث اختلف بعض القيادات حول بعض الأسماء ومن له حق التصويت ومن يتم تصنيفه على أنه متعاطف وبالتالي لا يكون له صوت انتخابي. وأكد الشيخ عبد الأخر حماد رئيس اللجنة المشرفة على انتخابات الجماعة الإسلامية،: إن الجماعة انتهت بالفعل من إجراء الانتخابات بمحافظة المنوفية وأنها سوف تبدأ بمحافظة سوهاج تمهيدا لإجرائها في محافظتي قنا وأسوان وبعدها تنتقل اللجنة المشرفة إلى محافظات أسيوط والمنيا وبني سويف في الوقت الذي تجري فيه نفس اللجنة الموازية الانتخابات في محافظات الدلتا. وأضاف أن الجماعة سوف تجري هذه الأيام انتخابات الجمعية العمومية تمهيدا لانتخابات الشورى في غضون شهر من الآن وسوف تعلن النتائج خلال مؤتمر صحفي كبير. وعن طريقة التصويت قال رئيس اللجنة المشرفة على الانتخابات إنها كانت من خلال البطاقة الشخصية، حيث يقوم الناخب بكتابة أسمة والإمضاء وكتابة الرقم القومي واختيار مسئول القرية ونائبة .. مؤكدا أن اللجنة لن تطلع أعضاء الجماعة إلا على نتيجة التصويت فقط دون ذكر أسماء المصوتين ولمن صوت الناخبين. وتابع :أما طريقة انتخاب مجلس الشورى العام والجمعية العمومية سوف يكون بالاقتراع السري المباشر دون كتابة أسم الناخب أو حتى الإمضاء تحت صوته في نفس الورقة.