نقلت بعض المواقع ووكالات الأنباء عن مصادر مطلعة بالجيش المصري أن المجلس العسكري "الحاكم" لن يسمح بأن يقوم رئيس الدولة المدني القادم باختيار القائد العام للقوات المسلحة.. وقد يكون هذا الأمر هو المعركة المقبلة والحقيقية للجيش عند وضع الدستور الجديد للبلاد، لأنه سيحرص على استقلاليته أيا كانت الظروف. وجاءت تلك المعلومة عقب جمعة "شكرا عودوا لثكناتكم"، حيث شددت المصادر المقربة من المجلس العسكرى على أن الجيش سيحافظ على استقلاليته التى تسمح له باختيار قادته وتنظيم إدارته الداخلية، بعيدا عن مؤسسة الرئاسة المدنية، مبررة ذلك الفكر بأنه قاعدة تم إرساؤها فى مصر منذ ثورة 1952، وساعد فى تأكيدها أن رؤساء مصر الثلاثة السابقين كانوا عسكريين فلم تكن هناك مشكلة، لكن وجود رئيس مدني يعنى حماية الجيش من أهواء السياسيين والحكام.