شن المحامي والناشط الحقوقي ممدوح رمزي هجوما حادا على المفكر رفيق حبيب متهما إياه بالنفاق وبالسير بمبدأ "خالف تعرف"، خاصة بعد أن انضم إلى حزب "الحرية والعدالة" الذي أسسته جماعة الإخوان المسلمين. وعبر ممدوح رمزي عن استغرابه من انضمام رفيق إلى الحزب على الرغم من وجود اختلافات جوهرية بين الأقباط وأيديولوجياتهم وأيديولوجية جماعة الإخوان المسلمين التي تسعى إلى إنشاء دولة دينية بما يتناقض مع متطلبات الدولة المدنية التي يسعى إليها المصريون في الفترة القادمة، على حد قوله. وأشار رمزي إلى أن الإخوان المسلمين دائما ما يعملون على تكفير المسيحيين وهو ما يؤكد أن الحزب لن يندمج في المجتمع المصري، مدللا على ذلك بأن حزب الحرية والعدالة في الأصل ذو مرجعية إسلامية. وذكر رمزي في انتقاداته لرفيق انه لا يعتبر ممثلا للأقباط لأنه ينتمي إلى الطائفة الإنجيلية التي لا تمثل أكثر من 1 % من الأقباط الذين يمثل 98 % منهم أرثوذكس. ومن جهته أكد المستشار نجيب جبرائيل رئيس المركزي المصري لحقوق الإنسان على أن انضمام رفيق حبيب إلى حزب الحرية والعدالة يمثل حقا من حقوقه السياسية التي كفلها له الدستور والقانون حيث من حقه أن يختار الأيديولوجية السياسية التي يريدها. يأتي ذلك عقب تصريح قيادات من الإخوان المسلمين بأن المفكر رفيق حبيب سوف يكون نائب رئيس حزب الحرية والعدالة.