نفت وزارة الخارجية الأوغندية صلتها بالتصريحات التي قالها سفير أوغندا السابق في القاهرة والتي حذر خلالها من محاولة مصر شن حرب علي أوغندا بسبب مياه النيل. قال جيمس موجيني السكرتير الدائم للخارجية الأوغندية إن هناك زيارات رفيعة المستوي ومحادثات تتم بشكل دائم ومستمر لدعم التعاون في مختلف المجالات كالزراعة والأمن والطاقة وتكنولوجيا الاتصالات وتبادل وجهات النظر حول الاستفادة بمياه النيل. موضحاً أنه لا يوجد ما يدعو للاعتقاد بأن مصر تخطط لشن حرب علي أوغندا كما رددت صحيفة "الأوبزرفر الأوغندية" علي لسان أحد سفراء أوغندا السابقين في مصر. مشيراً إلي أن ما قاله السفير عار تماماً عن الصحة. أشاد موجيني بالعلاقات مع مصر ووصفها بأنها "ممتازة" وان التعاون الثنائي بين البلدين أقوي من أي وقت مضي. كان السفير إبراهيم موكيبي سفير أوغندا السابق في مصر زعم في مقابلة مع بعض زملائه ونقلت الأوبزرفر الأوغندية عنه ما قاله إن مصر ربما تشن حرباً علي أوغندا وغيرها من الدول في حوض النيل في محالة للسيطرة علي مياه نهر النيل مضيفاً ان "الدافع الثاني وراء شن مثل هذه الحرب هو رغبة مصر في منع جنوب السودان من الانفصال بحسب ما أوردته الصحيفة".