في الوقت الذي رجح فيه كثيرون احتمالية تعرض الطائرة المصرية التي عُثر علي حطامها منذ ساعات في البحر المتوسط لعمل إرهابي، تتحفظ مصر في تأكيد هذه الفرضية حتى الآن، وإن لم تستبعدها تمامًا ضمن سيناريوهات الحادث، لكن هناك العديد من المؤشرات التي ترجح "عمل إرهابي" وراء الحادث. رئيس جهاز الأمن الاتحادي الروسي (FSB)، ألكسندر بورتنيكوف، قال إن اختفاء طائرة مصر للطيران، فجر اليوم الخميس، كان عملًا إرهابيًا في جميع الاحتمالات، وفقًا لوكالة انترفاكس الروسية للأنباء. وقال بورتنيكوف: "في جميع الاحتمالات، هذا هو عمل إرهابي"، مضيفًا "ندعو جميع الأطراف المعنية، بما في ذلك شركاؤنا في أوروبا، إلى اتخاذ تدابير مشتركة لكشف المسئولين عن هذا العمل الإرهابي". "جان بول ترواديك" رئيس وحدة التحقيقات السابق بشركة الطيران "إير فرانس"، قال: إنه "شبه متيقن من أن هجومًا إرهابيًا وراء اختفاء الطائرة المصرية فجر اليوم الخميس". الخبير الفرنسي، الذي وصفته صحيفة "الميرور" البريطانية بأنه أحد أكثر الأسماء احترامًا في عالم الطيران، أضاف في تصريحات لإذاعة "Europe 1": "عدم وجود إشارة طوارئ تشير إلى "حدث وحشي"، مستطردًا "مشكلة تقنية أو عطل في الموتور لا يتسببان في سقوط مفاجئ، حيث يكون لدى الطاقم فرصة لرد فعل". واستدرك قائلًا: "الطاقم لم يقل شيئًا، أو يقوم بأي رد فعل، لذلك فإن من المرجح للغاية أن يكون الأمر عملًا وحشيًا، ويمكننا بالتأكيد أن نفكر في مسألة حدوث هجوم". كانت شركة مصر للطيران، أعلنت أن الطائرة المصرية فقدت الاتصال بالرادار في الساعة 2.45 بتوقيت القاهرة، وكان آخر ارتفاع قد رُصِّدت عليه كان 37 ألف قدم، واختفت قبل دخولها المجال الجوي المصري ب80 ميلًا, ليزيد من احتمالية العمل الإرهابي، حيث إن عند هبوط الطائرة اضطراريًا فإن الردار يستطيع رصدها، أما اختفاؤها عند هذا الارتفاع وفجأة يرجح فكرة انفجارها. ومن الفرضيات التي تشير إلى انفجار الطائرة، قد يكون هو الاحتمال المرجح الذي قالته اليونان عن رؤية (ربان) لكتلة لهب في السماء، وأعلنت أنها أرسلت طائرة وفرقاطة إلى منطقة في جنوب البحر المتوسط، حيث اختفت طائرة مصر للطيران من على شاشات الرادار في وقت مبكر اليوم الخميس. وقال مصدر بوزارة الدفاع: إن "السلطات تتحرى أيضًا رواية قبطان سفينة تجارية برؤية "لهب في السماء" على بعد نحو 130 ميلاً بحريًا جنوبي جزيرة "كارباثوس". لم يبلغ قائد الطائرة، عن أي مشاكل قد تعوق الرحلة الجوية، حيث قال رئيس هيئة الطيران المدني اليونانية: إن "طائرة مصر للطيران اختفت من على شاشات الرادار بعد دقيقتين من مغادرة المجال الجوي اليوناني". وأضاف، في تصريحات لوكالة "رويترز"، أن المراقبين الجويين اليونانيين تحدثوا إلى قائد الطائرة المصرية بينما كانت فوق اليونان ولم يبلغ عن أي مشكلات، وهو أيضًا ما يزيد احتمالية تعرضها لانفجار أو عمل إرهابي. ما يزيد احتمالية تعرض الطائرة لعمل إرهابي، تصريحات مجلس الوزراء ووزير الطيران المدني، الذين لم يستبعدوا فرضية العمل الإرهابي. وقال المهندس شريف إسماعيل، رئيس الوزراء إنه لا يستبعد وجود عملية إرهابية في سقوط الطائرة المصرية، داعيًا في تصريحات للتليفزيون المصري، جميع أجهزة الدولة للتعاون من أجل الوقوف على أسباب اختفاء الطائرة، موضحًا أنه يجرى إطلاع أهالي الطائرة بكافة تطورات الحادث. كما رجح وزير الطيران، شريف فتحي، وجود عمل إرهابي وراء تحطم طائرة مصر للطيران، وقال فتحي، إن احتمال أن يكون هجومًا إرهابيًا وراء تحطم الطائرة أكثر ترجيحًا من وجود خلل فني، لكنه أضاف في مؤتمر صحفي، أنه من المبكر جدا الحديث عن النتائج، وأنه لا توجد مخاوف أمنية معروفة بشأن ركاب الطائرة، "لكن السلطات تجري مزيدًا من الفحص". وما يزيد الاحتمالية، إعلان اجتماع الرئيس عبدالفتاح السيسي بمجلس الأمن القومي لبحث الأزمة.