أعلنت مصادر حكومية إندونيسية أنها لا تعتزم إغلاق أو فرض قيود على المدارس الدينية المنتشرة في البلاد والبالغ عددها أكثر من 15 ألف مدرسة، وذلك في الوقت الذي يزعم فيه محللون غربيون أن هذه المدارس منبع "للإرهابيين". و نقل موقع مفكرة الإسلام عن وزير الشئون الدينية بالحكومة الإندونيسية قوله إن الحكومة تعتزم إدارة هذه المدارس عبر الحوار. وتشمل هذه المدارس مدرسة "المؤمن" في وسط جزيرة جاوة، والتي يزعم المحللون والمسئولون الغربيون أن عددًا من "الإرهابيين" المشتبه بهم تخرجوا منها. وأسس هذه المدرسة الداعية الإسلامي "أبو بكر باعشير" المتهم بأنه على صلة بتنظيم القاعدة. ورفض وزير الشئون الدينية الإندونيسي المزاعم التي تربط بين مدرسة "المؤمن" و"الإرهاب"، وأكد عدم وجود نية لإغلاقها. وأشار موقع "تشانيل نيوز آسيا" إلى أن اتحاد خريجي المدرسة الذي شكل العام الماضي أقر بأن بعض أعضائه أساءوا فهم الجهاد وشاركوا في الهجمات التي شهدتها إندونيسيا منذ عام 2002. ويعتزم اتحاد الخريجين إصدار بيان يوضح فيه مفهوم الجهاد وموقفه منه.