تزايدت في الفترة الأخيرة الشكاوى التي تتلقاها جمعية حقوق الإنسان لمساعدة السجناء بخصوص سوء معاملة الأحداث وذويهم من قبل إدارة المؤسسة العقابية. تتضمن أسباب الشكوى قيام المسئولين عن المؤسسة العقابية بحرمان أهالي الأحداث من زيارة أبنائهم وإهانة الأهالي وتوجيه ألفاظ بذيئة لهم. جاء في قائمة الشكوى أيضا قيام ضباط المؤسسة العقابية بضرب وتعذيب الأحداث وربطهم في الأشجار الموجودة بفناء المؤسسة ، وأيضا حبس الأحداث انفراديا دون مبرر ولفترة طويلة. وفي كثير من لأحيان كان الأهالي يلاحظون آثار التعذيب على أبنائهم أثناء الزيارات التي تم خفض مدتها إلى أقل من عشر دقائق في كثير من الأحيان. كانت من أبرز الشكاوى التي تلقتها الجمعية شكوى المواطنة فوزية إبراهيم والدة الحدث محمد علي المودع بالمؤسسة العقابية في المرج حيث تعدد مرات منعها من رؤية ابنها دون إبداء أسباب كما أنها كانت تعامل معامله بالغة السوء من ضباط المؤسسة العقابية.