قرر البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية إجراء أول تعداد لأقباط مصر بعد الثورة، وذلك بواسطة "لجان الافتقاد" على مستوى كل إبرايشيات الجمهورية ، من خلال حصر أعداد الأقباط في مختلف المناطق على مستوى الجمهورية، وعبر قيام كل كنيسة بتسليم كشوف المقيدين فيها إلى المطرانية التابعة لها، والتي ستقوم بدورها بتعداد الأقباط بكل الكنائس الموجودة في إطارها الجغرافي، ومن ثم ترسل تقريرًا للبابا مباشرة. ووفق "استمارة الافتقاد"، فإنه سيتعين على كل شخص يقوم بملئها توضيح الإبراشية التابع لها، وكذلك الكنيسة، وبيانات السكن (المحافظة، المركز – القسم، الحي – القرية ، التجمع السكني – العزبة، رقم العقار، الشارع ، الدور، رقم الشقة، تليفون المنزل(. وذكرت جريدة "المصريون" فى عددها الصادر صباح اليوم الأحد الاستمارة مقسمة إلى عدة بنود، البند الأول منها يخص "رب الأسرة"، (ذكر أو أنثى) والرقم القومي الخاص به، وتاريخ صدوره، وتاريخ ميلاده وحالته الاجتماعية ونوع مؤهله، ووظيفته، وهاتفه المحمول، وبريده الإلكتروني والكنيسة التي يصلي فيها، والأمر نفسه بالنسبة لبقية أعضاء الأسرة الذين يحددون صلة قرابتهم برب الأسرة. وتتضمن الاستمارة بيان الحالة الاجتماعية (أعزب، متزوج، أرمل ، منفصل / بطلان زواج مطلق كنسي، دون سن الزواج – 17 سنة )، وكذا المستوى التعليمي، حيث تضم "بدون مؤهل، محو أمية، ابتدائي، إعدادي، دبلوم فني، ثانوي عام، جامعي، دبلومة دراسات عليا، ماجستير, دكتوراة)، وانقسمت خانة الوظيفة إلي ) موظف حكومي، قطاع خاص، أعمال حرة، ربة منزل، طالب، معاش، لا يعمل، شرطة، قوات مسلحة، مزارع، أخرى تذكر(. ولا يوجد إحصاء دقيق بأعداد المسيحيين في مصر إلا أن التقديرات الرسمية تشير إلى أن نسبتهم تناهز 4% من عدد سكان مصر البالغ 83 مليون نسمة. لكن الكنيسة تشكك على الدوام في تلك التقديرات. ويؤكد البابا شنودة بصورة مستمرة، أن الكنيسة تعرف أعداد الأرثوذكس عن طريق "كشوف الافتقاد"، التي تعد بمنزلة تعداد داخلى لكل أسرة، قائلاً: "نحن نستطيع معرفة عدد شعبنا، ولا يهمنا العدد المعلن". وحدد البابا في أكتوبر 2008 خلال مقابلة مع قناة (O.t.v) الفضائية تعداد الأقباط ب 12 مليون استنادًا لآخر "كشوف الافتقاد"، على حد قوله. في المقابل، تؤكد بعض التقديرات الخارجية أن تعداد الأقباط أقل من هذا الرقم حيث كشف أحدث تقرير أمريكي نهاية عام 2009 أن المسلمين يشكلون أكثر من 95% من عدد سكان مصر، وأن الأقليات الدينية الأخرى تشكل في مجموعها ما يزيد قليلا على 5% من عدد السكان. وقدّر التقرير الصادر عن منتدى "بيو للدين والحياة العامة"، التابع لمركز "بيو" الأمريكي للأبحاث، عدد المسلمين في مصر بحوالي 78.5 مليون شخص، وقال إنهم يشكلون 94.6 % من إجمالي الشعب المصري. ووفقًا للتقرير الأمريكي، فإنَّ الأقليات الدينية، وهي تشمل الأقباط الأرثوذكس والأقباط الإنجيليين والأقباط الكاثوليك وطوائف أخرى أقل عددا، تشكل جميعها 5.4 % فقط من الشعب المصري، أي حوالي 4.5 مليون شخص من عدد سكان مصر البالغ 83 مليون شخص، حيث يتراوح تعداد أقباط مصر حول أربعة ملايين نسمة. وهذا المسح جاء ضمن تقرير منتدى "بيو" عن أعداد المسلمين في العالم. وقال منتدى "بيو" إنَّه اعتمد في إجراء التقرير، الواقع في 65 صفحة، على أحدث البيانات المتاحة لأعداد السكان في 232 دولة ومنطقة حول العالم، وإنَّ باحثيه استعانوا في التقرير بحوالي 50 عالمًا في العلوم الاجتماعية والإحصاءات في جامعات ومراكز أبحاث حول العالم. وهو نفسه التعداد الذي أكده الموقع الرسمي للفاتيكان بعد عدة شهور وأثار استياء شديدًا من جانب الكنيسة القبطية التي سارعت بنفيه
