نفى المجلس الأعلى للقوات المسلحة نيته العفو عن الرئيس السابق "محمد حسني مبارك" وأسرته، وأنه لا صحة مطلقا لما نشر في بعض وسائل الإعلام عن اتجاه المجلس إلى العفو عنه. وجاء في الرسالة رقم 54 على الصفحة الرسمية للقوات المسلحة على "فيس بوك"، أنه لا علاقة لما نُشر عن العفو عن مبارك، مؤكدا أن المجلس لا يتدخل بصورة أو بأخرى في الإجراءات القانونية الخاصة بمحاسبة رموز النظام السابق، موضحا أن هذه الإجراءات خاصة بالقضاء. وشدد المجلس على أهمية توخي الحذر من الأخبار والشائعات المغرضة التي تهدف إلى إحداث الانقسام والوقيعة بين الشعب والجيش، والذي لا يمكن فصلهما أبدا، مؤكدا عدم مسؤوليته عن ما يتم نشره في وسائل الإعلام، ونسب إلى أعضائه، وأن المجلس الأعلى مسؤول فقط عن التصريحات المباشرة والصريحة التي يتم بثها بواسطة أعضائه على وسائل الإعلام المختلفة أو ما يتم نشره على الصفحة الرسمية على ال"فيس بوك". وأهاب المجلس الأعلى للقوات المسلحة بكل وسائل الإعلام بعدم الزج باسمه أو بأي من أعضائه في تداول مثل هذه الأخبار في هذه المرحلة الدقيقة من تاريخ البلاد.