وصف منتصر الزيات محامي الجماعات الإسلامية، تصديق المجلس العسكري على الأحكام بإعدام ثلاث من قيادات الجماعات الإسلامية، بينهم محمد الظواهري شقيق الدكتور أيمن الظواهري الرجل الثاني بتنظيم "القاعدة" بأنه "إجراء روتيني" حتى يتسنى لهؤلاء الصادر بحقهم الأحكام الطعن عليها. وقال الزيات ل "المصريون"، إن تصديق المجلس العسكري – الذي يدير شئون البلاد- على الأحكام الصادرة عام 1998 لا يعني بالضرورة تنفيذها، بل هي "خطوة روتينية" حتى يستطيع الصادر بحقهم الأحكام الطعن عليها أمام محكمة النقض العسكري التي تم استحداثها بعد تعديل قانون القضاء العسكري. وإلى جانب الظواهري، صدّق المجلس العسكري على الحكم بإعدام كل من رفاعي طه، عضو مجلس شورى "الجماعة الإسلامية" والقيادى الجهادي عثمان السمان. وهؤلاء الثلاثة صدرت ضدهم أحكام بالإعدام غيابيًا لكن لم يتم تنفيذها. وطالب الزيات المجلس العسكري الحاكم بإصدار عفو عام عن جميع المعتقلين السياسيين خصوم نظام الرئيس السابق حسني مبارك الذي أسقطته ثورة 25 يناير, خاصة وأن تلك الأحكام صادرة من محاكم عسكرية استثنائية غير مختصة. وحذر من أن تنفيذ أحكام الإعدام ضد المعتقلين السياسيين من خصوم الرئيس السابق من شأنه أن يلحق ضررًا بالغًا بالثورة المصرية وبصورة المجلس العسكري بوصفه السلطة الحاكمة حاليا في مصر. وأعرب محامي الجماعات الإسلامية عن دهشته واستغرابه من أن يتمتع مبارك وابنيه علاء وجمال وأركان نظامه الفاسدين بالمحاكمة أمام القضاء الطبيعي، بينما يتم إحالة خصومه السياسيين الذين نكل بهم النظام البائد للقضاء العسكري الاستثنائي. من جانبه، توجه نزار غراب، محامي المهندس محمد الظواهري بتساؤلات للمجلس العسكري، وقال: ما معنى التصديق على أحكام الإعدام التي صدرت عام 1998، والتى صدق عليها حسني مبارك بصفته الحاكم العسكري في 20 نوفمبر 1999، حيث أنه بذلك يؤيد تصديق الرئيس السابق. ومضى متسائلاً: ما معنى التصديق على حكم إعدام محمد الظواهري رغم أنه تم إعلانه بالحكم وتم منحه مهلة قدرها 60 يوم تبدأ من 21 مارس عام 2011 حتى يتمكن من تقديم أسباب طعنه الذي قدمه لمحكمة القضاء العسكري. وكانت أجهزة الأمن ألقت القبض على الظواهري في مارس الماضي بعد يومين من الإفراج عنه ضمن مجموعة من المعتقلين السياسيين، وذلك لإعادة الإجراءات في الحكم الصادر ضده غيابيا في القضية رقم 8 لعام 1998 جنايات عسكرية، والمعروفة إعلاميا بقضية "العائدون من ألبانيا"، والمحكوم عليه فيها بالإعدام، لكن الحكم لم ينفذ، نظرًا لصدور حكم من المحكمة الدستورية العليا بعدم دستورية المادة 48 من القانون، التي تتناول الاتفاق الجنائي في مثل هذه القضايا.