صدّق المجلس الأعلى للقوات المسلحة على أحكام إعدام صادرة بحق 3 من قيادات الجماعة الإسلامية، من بينهم شقيق أيمن الظواهرى، محمد، وأعلن 9 قيادات آخرين بأحكام مماثلة. وصدر حكم بالإعدام ضد محمد الظواهرى عام 1999 فى قضية «العائدون من البانيا»، فيما حوكم رفاعى طه وعثمان السمان عام 93 فى قضية «العائدون من أفغانستان»، غيابيا، وقضى عليهما بالإعدام. أما القيادات التسع الذين أعلنوا بأحكام الإعدام الصادرة بحقهم غيابيا تمهيدا للتصديق عليها، فمنهم مصطفى حمزة، الصادر بحقه حكمان بالإعدام فى قضية «العائدون من أفغانستان» ومحاولة اغتيال صفوت الشريف، رئيس مجلس الشورى المنحل، وحسن خليفة الذى صدر بحقه حكم غيابى بالإعدام عام 1994 فى قضية الاغتيالات الكبرى والتى قتل فيها نحو 35 شخصا، وغريب الشحات الذى صدر بحقه حكم بالإعدام فى قضية أحداث شغب السويس. وقال منتصر الزيات، محامى الجماعات الإسلامية، إن تصديق المجلس العسكرى إجراء روتينى ولا يعنى تنفيذ حكم الإعدام، لكنه شرط لإعادة المحاكمة مرة أخرى،وأوضح أن هناك قائمة تضم 12 قياديا بالجماعة الإسلامية صدرت بحقهم أحكام بالإعدام غيابيا من المحاكم العسكرية المصرية، حيث تم تسليمهم للسلطات المصرية من عدة دول عربية، لكن النظام السابق لم يصدق على أحكام الإعدام حتى تم إسقاطه.