دعت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، المجلس الأعلى للقوات المسلحة إلى إجراء تحقيق فوري بشأن وقائع "تعذيب" نسبتها إلى بعض عناصرالشرطة العسكرية ضد بعض المتظاهرين يوم الأربعاء 9 مارس، وسرعة محاسبة مرتكبيها، وإعلان نتائج التحقيق للرأي العام، للحفاظ على التلاحم الوطني بين الجيش والشعب المصري. وناشدت المنظمة المشير محمد حسين طنطاوي رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة سرعة القبض على العناصر التي قامت بذلك، انسجامًا مع مواقف الجيش الداعمة للمطالب الوطنية لثوار 25 يناير وتقديرًا لشهداء الثورة. واعتبرت أن هذه التصرفات "الفردية" لبعض ضباط الشرطة العسكرية تتناقض مع قيام الجيش بتوفير الحماية للمتظاهرين من قبل المعتدين والبلطجية، وتعتبر بمثابة خروج عن المبادئ العامة التي التزام بها الجيش في أوقات الثورة المختلفة. وأدانت إساءة استخدام بعض أفراد الجيش للمتحف المصري ك "مقر للتعذيب"- بحسب ما نقلت عن بعض المتظاهرين، مطالبة بالتحقيق الفوري في ذلك. كما طالبت المنظمة في الوقت ذاته بإلغاء المحاكم الاستثنائية التي اعتبرتها تمثل انتهاكًا للحق في المحاكمة العادلة المنصفة لما تفتقده من ضمانات هذا الحق، وتأتي على رأس تلك الضمانات عدم إمكانية الطعن على أحكام تلك المحاكم أمام محكمة أعلى، وكذلك افتقارها لضمانة مهمة، وهي استقلال القضاء وحجية أحكامه، حيث لا تصبح أحكام محكمة أمن الدولة طوارئ أو المحكمة العسكرية نهائية إلا بعد أن يصدق عليها من الحاكم العسكري.