أثار الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح، القيادى بجماعة "الإخوان المسلمين" حالة من الارتباك والجدل داخل الجماعة، على خلفية تصريحات حول أن "الإخوان لن يشكلوا حزبا سياسيا خاصًا بهم, وأن الجماعة ستظل على شكلها الحالى كحركة إسلامية مدنية إلا أنها ستترك لبعض أعضائها الراغبين في إنشاء حزب سياسي الحرية فى القيام بتلك الخطوة". وسارعت الجماعة إلى إصدار تصريح صحفي على لسان الدكتور محمد مرسى المتحدث الإعلامى باسمها أكدت فيه أن مواقف وآراء الجماعة الرسمية يعبر عنها المرشد العام الدكتور محمد بديع ونوابه والمتحدثون الإعلاميون الثلاثة فقط. وفُسِر ذلك على أنها محاولة من الجماعة للنأي بنفسها عن تصريحات ومواقف أبو الفتوح، عبر التأكيد أنها لا تعبر عن الموقف الرسمي "للإخوان", وإنما تعبر عن آرائه وقناعاته الشخصية التي لا تعكس رأي الجماعة. وفي نفى لما أعلنه أبو الفتوح أكد مرسي أن "الإخوان يؤمنون بحرية تكوين الأحزاب، وأنهم حريصون على وجود حزب سياسى لهم، وأن الذى منع الجماعة من التقدم بطلب الحصول على إنشاء هذا الحزب هو قانون الأحزاب الذى يحظر ويعطل قيام الأحزاب إلا إذا وافق الحزب الوطنى ولجنة شئون الأحزاب التابعة له". وأضاف "عندما يتحقق المطلب الشعبى بحرية تكوين الأحزاب، سوف تنشئ الجماعة حزبا سياسيا". وكانت الجماعة أعلنت منذ عدة سنوات عن إعداد مشروع حزب سياسى تطمح إليه، شارك في إعداده عدد من الخبراء والمفكرين، من بينهم المفكر الدكتور رفيق حبيب الذى شارك في وضع مادتين تسببتا فى إثارة جدل كبير وردود فعل واسعة في الأوساط السياسية وامتد الجدل حولهما إلى خارج مصر. وتتمثل هاتان المادتان في أنه لا يحق للمرأة أو المسيحي تولي رئاسة الجمهورية, وعلى ضرورة تشكيل هيئة من كبار علماء الدين الإسلامي تكون مهمتها مراجعة أية قوانين أو تشريعات يصدرها مجلس الشعب واستبعاد أى قانون أو تشريع يرى علماء الدين الإسلامي أنها تتعارض مع الشريعة الإسلامية. وقوبل موقف الجماعة آنذاك بمعارضة شديدة من جانب القوى السياسية, ولم يقف الأمر عند هذا الحد، بل أن بعض قيادات "الإخوان" – المحسوبين على الإصلاحيين- وعلى رأسها الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح عبروا عن رفضوا لهاتين المادتين. واتهم المنتقدون الجماعة بمحاولة إنشاء دولة دينية في مصر فى مصر، على غرار إيران يكون لرجال الدين الكلمة العليا فى قبول أو رفض القوانين والتشريعات التى يصدرها مجلس الشعب. وردت الجماعة بالتأكيد على تمسكها بالدولة المدنية على مرجعيىة إسلامية, وأن موقفها من مسألة تولي المرأة والأقباط منصب رئيس الجمهورية هو موقف يخصها وليس ملزما للاحزاب والقوى السياسية الأخرى، وقالت إنها لن ترشح من جانبها امرأة أو مسيحيًا للرئاسة, أما الأحزاب والقوى السياسية الأخرى فلها الحرية في ترشيح من يرونه مناسبا حتى لو رشحوا نساءً أو أقباطًا.
