تقارير صحفية تتحدث عن صدور تعليمات شفهية من البابا شنودة بحرمان الأنبا بيشوي وعزله عن ممارسة اختصاصاته الكهنوتية ، المصادر تحدثت عن تولي القمص بطرس بطرس بسطوروس وكيل مطرانية كفر الشيخ تسيير أعمال مطرانية دمياطوكفر الشيخ بدلا عن بيشوي ، أيضا تم سحب اختصاصاته كسكرتير للمجمع المقدس ليتولاها الأنبا إرميا سكرتير البابا ، وكذلك نزع اختصاصاته في شؤون الإيبارشيات إلى الأنبا موسى أسقف الشباب ، الأنبا بيشوي يحرص على أن يوحي إلى المقربين أنه في حالة اعتكاف في الدير وليس معزولا بقرار بابوي .