فرض البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، إجراءات مشددة تقضي بحظر دخول أي شخص (غير مسيحي) إلى مقر الكاتدرائية لحضور عظته الأسبوعية المقررة اليوم الأربعاء، على أن يتم الكشف عن الهوية "المسيحية" وإشهار الصليب عند الدخول، كشرط للسماح بالحضور. يأتي ذلك في ظل حالة من القلق والاضطراب تسود المقر البابوي، إثر تهديدات تنظيم "دول العراق الإسلامية" الموالي ل "القاعدة" خلال الهجوم على كنيسة "سيدة النجاة" ببغداد يوم الأحد للكنيسة القبطية المصرية، إذا لم يتم الإفراج عن من وصفن ب "الأسيرات المسلمات" المحتجزات بالأديرة، وإمهالها 48 ساعة للاستجابة لمطالب التنظيم. وفرضت الكنيسة أمس إجراءات أمنية غير اعتيادية على بوابة الدخول، في إطار التدابير والإجراءات المشددة التي اتخذتها عقب تهديدات التنظيم، تمثلت في ضرورة إبراز تحقيق الهوية الشخصية، والكشف عن علامة الصليب في اليد، كدليل إضافي للتأكيد على الهوية المسيحية، وإجبارهم على المرور عبر جهاز الكشف عن المعادن، إضافة إلى تفتيش حقائب اليد للسيدات. ولم تقتصر الإجراءات على التواجد الأمني الرسمي حول الكنيسة، فقد كان هناك دور لفرق الكشافة داخل الكاتدرائية، حيث قامت بتمشيط الكنيسة والمباني الملحقة بها والانتشار في أرجائها، لتوقيف أي مشتبه فيه، وكشف مصدر أمني من داخل المقر عن اعتزام الكنيسة منع دخول السيارات أثناء عظة البابا الأسبوعية كإجراء احترازي، عدا سيارات رجال الدين التابعين للكنيسة. من جانبه، قال القمص صليب متي ساويرس عضو المجلس الملي العام، كاهن كنيسة الجيوشي، إن البابا يصلي من أجل سلامة الكنيسة وكل المصريين، معربًا عن ثقته في كفاءة أجهزة الأمن المصرية وقدرتها على منع أي اعتداءات ضد المسيحيين. وصرح الأنبا يوأنس سكرتير البابا، أن البابا شنودة غير مبال بالتهديدات التي وجهها تنظيم "القاعدة"، في ظل الأجواء العامة في مصر، مشيرًا إلى ثقته الشديدة بالقيادة السياسية التي لا تفرق بين مسلم ومسيحي. وأوضح أن البابا شنودة ربط استمرار المسيحية في مصر منذ الفتح العربي بسماحة المصريين، مشيدًا بقيام الدولة "مشكورة" بتأمين الكنائس دون أن تطلب منها ذلك بعكس المساجد. من جانب آخر، عاد الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس إلى دير وادي النطرون، خشية تعرضه لسوء كما يؤكد مقربون منه بعد هجومه الشديد على الإسلام، خلال الفترة الأخيرة، بعد تصريحاته التي أبدى فيها شكوكه حول عصمة القرآن الكريم، واعتباره المسلمين "ضيوفًا" على الأقباط "أصل البلد". وعلمت "المصريون" أن الأنبا بيشوي سيظل داخل الدير حتى إشعار آخر، وإلى أن يأذن له البابا شنودة بالظهور إعلاميا مرة أخرى.