اتّهم رئيس مفوضية الاستفتاء على حقّ تقرير المصير لجنوب السودان محمد خليل الأعضاء الجنوبيين فيها بمحاولة إقصاء نظرائهم الشماليين. وقال خليل في تصريحات صحفية: إنّ الاستفتاء المقرر إجراؤه يناير المقبل ربّما يؤجل بسبب الخلافات داخل المفوضية، مهدّدًا بالاستقالة من منصبه إذا استمرّ الخلاف داخل المفوضية المكونة من تسعة أعضاء خمسة منهم جنوبيون. يذكر أن الاستفتاء على حق تقرير المصير لجنوب السودان هو جزء من اتفاقية السلام الشامل التي وقعتها الحكومة السودانية مع الحركة الشعبية لتحرير السودان في يناير 2005. ورغم أن الاتفاقية أنْهَت عقدين من الحرب الأهلية بين شمال السودان وجنوبه، إلا أن العديد من العقبات اعترضت تطبيقها خاصة فيما يتعلق بالاستفتاء على تقرير المصير. وكان الخلاف بين حزب المؤتمر الوطني الحاكم والحركة الشعبية لتحرير السودان قد تصاعد مؤخرًا بسبب الخلاف بشأن الاستفتاء على تقرير المصير. ومن جانبه اتهم باقان أموم الأمين العام للحركة الشعبية مؤخرًا المؤتمر الوطني الحاكم بالفشل في جعل الوحدة جاذبة للجنوبيين، محذرًا من أن الشلل يسود عمل المفوضية.. وأنّ هذا الوضع يهدد بتأجيل الاستفتاء. وقال: إن أي حديث عن مقترحات لتأجيل الاستفتاء نعتبره خرقًا لاتفاقية السلام الشامل ونقضًا لها وخطرًا على مجمل العملية السلمية في السودان، ولَمّح إلى أن برلمان جنوب السودان قد يقوم بتولي مسئولية عملية تنظيم الاستفتاء بشكل كامل بدون الشمال إذا جاء التعويق من الشمال، أو أن يصوت البرلمان على الانفصال. ويَخْشى مراقبون من أن يؤدي الخلاف بين المؤتمر الوطني والحركة الشعبية إلى تجدد الحرب الأهلية التي استمرت 22 عامًا وأدّت لمقتل مليونَي شخص ونزوح 4 ملايين عن ديارهم.