ناقش التحالف المصرى للأقليات مع مجموعة من منظمات المجتمع المدنى ونشطاء معنيين بحقوق الأقليات، التعديلات التى اقترحتها لجنة الخبراء على دستور 2012، وتم دراسة المواد التى تشكل تهديدًا على ثلاثة مبادئ رئيسية وهم المواطنة، التنوع و التعددية، حقوق الأقليات من بينها المادة الأولى التي اعتبرها تزيد من الفجوة التى كان يعانى منها الشعب المصرى تجاه امتداده الإفريقى وانتمائه للعالم ككل. وطالب التحالف بإعادة صياغة المادة الأولى حتى تنفتح مصر على العالم ككل ولا تنغلق فى منطقة واحدة، وقال "إن هناك جدلًا حول المادة الثانية وأنها تشكل تهديدًا حقيقيًا على مدنية الدولة ذلك بالإضافة إلى المادة 219 التى تزيد من خطورتها بل و تجعلها أكثر إقصاءً لغير المسلمين على المذهب السنى"، داعيًا إلى إعادة صياغتهما من جديد بشكلٍ يحفظ الطابع المدنى للدولة ولا يميز ما بين المواطنين بسبب الدين أو المعتقد. كما اعتبر أن المادة السادسة تعطى للدولة فرصة انتهاك الحق فى الخصوصية بدعوى الحفاظ على الطابع الأصيل للأسرة، وطالب بإعادة صياغتها بشكل أكثر وضوحًا. وقال التحالف إن المادة الحادية عشر أثارت جدلًا لأنها قيدت حق المرأة فى المساواة طبقًا لما أسمته "دون الإخلال بمبادئ الشريعة الإسلامية"، فقد يكون المشرع متشددًا مما يؤثر فى تفسيره لمبادئ الشريعة، وقد يكون وسطيًا فلا يضع مزيدًا من القيود على الحقوق والحريات، وقد أعطوا توصية بضرورة إعادة صياغة هذه المادة بصياغات واضحة لا تقيد فيها الحق فى المساواة. وناقش عددًا من المواد الأخرى كالمادة الخاصة بحرية الاعتقاد و ممارسة الشعائر الدينية، وانتقد حمايتها لحق أصحاب الأديان السماوية فقط فى أداء شعائرهم.