استنكر عدد من قيادات جماعة الإخوان المسلمين تصريحات الفريق أول عبد الفتاح السيسي، القائد العام للقوات المسلحة وزير الدفاع والإنتاج الحربي، حول رفض الرئيس السابق محمد مرسي عرضًا بإجراء استفتاء شعبي على بقائه قبل تظاهرات 30 يونيه، معتبرين أن التصريحات تأتى ضمن محاولة تزيين الانقلاب العسكري. وقال الدكتور سعد عمارة، القيادي الإخواني ووكيل لجنة الدفاع والأمن القومي بمجلس الشورى المنحل، إن ما فعله السيسى كان مؤامرة مدبرة ومبيتة ولم تأتِ بشكل مفاجئ. وأكد أن مؤيدي الشرعية مصممون على موقفهم من عدم إجراء أي مفاوضات لحين عودة الدكتور محمد مرسي، الذي انتخبه الشعب لمدة 4 سنوات، ثم تم الاستفتاء على بقائه في الدستور الذي وافق عليه غالبية الشعب. وقال "العسكريون يقفون عند نقطة محددة هي عدم عودة الشرعية، ونحن نقف عند نقطة أخرى واحدة أيضًا هي عودتها"، معتبرًا أن الفريق السيسي تجاهل عن عمد خروج ملايين الشعب المصري المؤيد للشرعية، مما أسفر عن مجزرة بمحيط الحرس الجمهوري كان السيسي هو المسئول عن حدوثها. واعتبر صابر أبو الفتوح، القيادي بالحرية والعدالة وعضو مجلس الشعب السابق، أن تصريحات السيسى جاءت لتزيين صورة الانقلاب الذي تم التخطيط له منذ تظاهرات الاتحادية الأولى ومحاولة اقتحام القصر. وأضاف أن هذا الانقلاب كان مدبرًا له بتخطيط من الإدارة الأمريكية بتعاون حملة تمرد والدكتور محمد البرادعي بالاتفاق مع المجلس العسكري، مشيرًا إلى أن تصريحات السيسى تؤكد أن ما حدث انقلاب عسكرى. وتساءل: "ما معنى أن يخرج وزير الدفاع ليتحدث عن السياسة فى ظل وجود رئيس معين؟"، مشددًا على أن تصريحاته ستشعل حالة الغليان والتوتر فى الشارع المصرى، خاصة بعد مذبحة الحرس الجمهوري التي شهدها العالم أجمع. وقال "الشعب المصري أدرك ما يحاك ضده بدليل توافده على مختلف الميادين لدعم الشرعية، في الوقت الذي تشن فيه القنوات والإعلام حملة تعتيم غير مسبوقة. وكان الفريق عبد الفتاح السيسي قد أكد خلال لقائه عددًا من قادة وضباط القوات المسلحة الأحد، أن القوات المسلحة وقبل أن تقدم بيانها الذى طرحت فيه خارطة المستقبل أبدت رغبتها في أن تقوم الرئاسة نفسها بالاحتكام إلى الشعب وإجراء استفتاء، غير أن الرئاسة عبرت عن رفضها المطلق لهذه الخطوة.