قال الدكتور صلاح سلطان، الأمين العام للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية، إن المجلس يعتبر ما حدث بمصر انقلابًا عسكريًا يقود مكتسبات ثورة 25 يناير، مؤكدًا أنه من غير المقبول أن يتآمر 30 قائدًا عسكريا للانقلاب على شرعية 30 مليون ناخب صوتوا لصالح الدكتور مرسي، حسب قوله. وأفتى الدكتور صلاح سلطان في بيان ألقاه نيابة عن المجلس الأعلى للشئون الإسلامية بحرمة الانقلاب شرعًا، مؤكدًا أنه لا يمكن مقارنته بالخروج على مبارك لأن مبارك جاء عن طريق التزوير أما مرسي فقد نجح في انتخابات حرة. وانتقد بيان المجلس الأعلى للشئون الإسلامية إغلاق القنوات الدينية، معتبرًا أنه صد عن "سبيل الله"، مهيبًا بشيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب أن يعود إلى الحق وأن يرجع عن تأييده للانقلاب العسكري. وأعلن المجلس عن تدشين حمله جديدة بعنوان "حملة ضد الانقلاب"، كما رفض الحاضرون هتافات "ارحل ارحل يا شيخ الأزهر ..لا تمثل علماء الأزهر".