سارع الأزهر إلى إصدار بيان تبرأ فيه من تصريحات الدكتور حسن الشافعي، رئيس المكتب الفني لشيخ الأزهر، التي حمل فيها على الجيش على خلفية عزل الرئيس محمد مرسي الأمر الذي وصفه ب "المؤامرة المدبرة"، وأدان قتل مؤيديه أثناء صلاة الفجر أمام دار الحرس الجمهوري. وجاء في بيان أصدره المكتب الفني لشيخ الأزهر: "في ظل هذه المرحلة الحرجة من تاريخنا الوطني، ونظرًا لخطورة الكلمة، ودعوة الأزهر إلى تحرِّي الدقة، فإنَّنا نؤكد أنَّ أيَّ بيانات أو تصريحات تصدر عن أي شخص ولا تصدر عبر المركز الإعلامي الرسمي للأزهر الشريف، فهو رأي شخصي ولا يُعبِّر عن مؤسسة الأزهر أو مشيخته، إنما هي مجرد آراء لأصحابها لا تحمل على المؤسسة ولا تُمثِّل وجهة نظرها". وكان الشافعي أدلى بتصريحات إلى فضائية "الجزيرة" استنكر فيها بشدة عدم توفير القوات المسلحة الحماية للمتظاهرين السلميين، وقتل المدنيين العزل أثناء أدائهم صلاة الفجر، وشدد على أن "ثورة 25 يناير لن تنسخ ولا تستبدل فهي قائمه دائمي في قلوب المصريين ومن يخرج عليها فاسدون مضللون". يشار إلى أن الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر وهو أحد المشاركين في وضع "خارطة الطريق" التي بموجبها عزل الرئيس محمد مرسي قد دعا في وقت سابق إلى فتح تحقيق عاجل في المجزرة التي وقعت أمام دار الحرس الجمهوري فجر اليوم، وإعلان النتائج أولاً بأول على الشعب المصري حتى تتضح الحقائق و توأد الفتنة. وناشد كل الأطراف على الساحة المصرية، تحكيم صوت العقل والحكمة قبل فوات الأوان، والوقف الفوري لكل ما من شأنه إسالة الدماء المصرية الزكية. وقال "إنني قد أجد نفسي مضطرًا، في هذا الجو الذي تفوح فيه رائحة الدم (...) أن أعتكف في بيتي حتى يتحمل الجميع مسئوليته تجاه وقف نزيف الدم منعًا من جر البلاد إلى حرب أهلية طالما حذرنا من الوقوع فيها"، مشيرًا إلى حرمة الدماء وعظم مصداقًا لقول الرسول صلى الله عليه وسلم: "لزوال الكعبة حجرًا حجرًا أهون عند الله عز و جل من إراقة دم مسلم بغير حق".