استنكر الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين إعلان "جبهة النصرة" التي تقاتل ضمن المعارضة المسلحة في سوريا البيعة لأيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة، مؤكداً أن فرض الولاية والوصاية أمر مستنكر شرعا محذراً جبهة النصرة من أي سلوك يتناقض مع خيارات الشعب السوري. ودعا البيان الذي -حصلت " المصريون" علي نسخة منه- جبهة النصرة "إلى العودة إلي محيطها، وأن تعيش صفاً واحداً مع بقية المجاهدين، وتترك مصير الحكم والدولة في سوريا إلى ما بعد التحرير، ليختار الشعب الحكم الإسلامي، أو الحكم الذي يريده بكامل حريته واختياره". وأضاف الاتحاد في بيانه والذي وقع عليه الدكتور يوسف القرضاوي رئيس الاتحاد: "الثورة السورية قامت حمايةً للمستضعفين .. لذا لا يحق لجبهة ما إعلان تبعيتها لغير سوريا وفرض البيعة على شعبها دون استشارةٍ لأحدٍ من أهلها". وأشار البيان إلي أن الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين يتابع بقلق بالغ، الأوضاع المأساوية بسوريا، ثم الأزمات المتتابعة التي تفتعلها بيانات بعض الفصائل، التي تنتمي إلى تيارات إسلامية، والمتمثلة في إعلان القيادي الميداني أبو محمد الجولاني عن تجديد مبايعة تنظيم جبهة النصرة لأهل الشام للدكتور أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة، والذي دعا مسلحي المعارضة السورية الذين يقاتلون النظام إلى إقامة دولة إسلامية، ولحقها أبو بكر البغدادي ببيان لتأسيس "الدولة الإسلامية في العراق والشام" كما حذر البيان من مألات هذه البيعة لما لها مخاطر داخلية وخارجية، وآثاراً خطيرة على الثورة، والتي ستؤدي إلى تمزيق وحدة صف المجاهدين،بالإضافة إلى تمزيق الداخل، فإن الخارج سيتأثر كثيراً بهذه البيعة، وستترتب عليها آثار خطيرة، ومشاكل كبيرة للثورة، على مستوى العالم العربى والغربى، بالإضافة إلى أن ذلك سيقوي النظام، ويعطيه حجة أمام العالم، كما أن ذلك سيجعل جبهة النصرة هدفاً لجميع الدول الغربية والشرقية.
