أبدى المفكر والكاتب جمال أسعد، رفضه الجزم بصحة ما يتردد عن ظهور السيدة مريم العذراء على منارة كنيسة العذراء بالوراق، قائلا: لن أصدق كل من هب ودب وحتى كنيسة الوراق بأن هذه معجزة إلا في حال صدر بيان من المجمع المقدس. وأكد أسعد وهو قبطي أرثوذكسي لفضائية "المحور"، أنه لن يعترف بهذا الظهور المزعوم إلا عند صدور بيان رسمي من المجمع المقدس على مستوى عال روحيًا وعقديًا وعلميًا، وأن يصدر البابا شنودة بيانا حول هذه الظاهرة، مضيفًا أن الشيطان ممكن أن يصنع معجزات، وممكن أن يغير نفسه ويظهر على صورة ملاك، لهذا لن أصدق أن السيدة العذراء ظهرت إلا من خلال صدور بيان رسمي من لجنة لتقصي الحقائق. في حين اتهم القس إكرام لمعي رئيس لجنة الإعلام والنشر بالكنيسة الإنجيلية شائعات ظهور العذراء، كنيسة الوراق بأنها "تضحك على البسطاء بهذا التجلي المزعوم للسيدة العذراء من أجل جمع التبرعات للكنيسة، واضعا الظاهرة في إطار رغبة البسطاء التنفيس عن أنفسهم نتيجة الأعباء الكثيرة الواقعة عليهم. شاطره الرأي القس جورج شاكر راعي الكنيسة الإنجيلية، قائلا إنه يشكك في ظهور العذراء، مفسرا الحشود الضخمة التي توجت لرؤية الحدث المزعوم بأن هؤلاء "أناس بسطاء غالبًا لديهم احتياجات معينة سواء شفاء أو فقراء، فيتصورون ويصدقون ظهر العذراء كي تحمل لهم عدالة وتعطيهم إحساسا بالأمان". وأضاف: العذراء ليست في حاجة للظهور بينما الناس هم المحتاجون لظهورها لتساندهم ولهذا توهموا ظهورها وهو ما لم يحدث، ونحن لا نعرف شكل العذراء، فمن الذي قال إن التي ظهرت هي العذراء . بينما أرجع كمال زاخر منسق جبهة الإصلاح الكنسي تدافع آلاف الأقباط لرؤية العذراء للبحث عن العدالة غير الموجودة، وطالب بإعادة فتح ملف الأقباط،، وقال: نحن نطالب كمنسق علماني بضرورة النظر في حقوق الأقباط.